Отсылка к книге и одноименному фильму немецкого натуралиста и путешственника Бернгарда Гржимека «Серенгети не должен умереть». Серенгети – национальный парк в Танзании, где природа сохранилась в первоначальном, нетронутом виде. – Прим. ред.

Комменсалы – организмы, сосуществующие с другими организмами; при этом для первых такое сосуществование полезно, а вторым не наносит вред. – Прим. ред.

Женские спортивные команды в США. – Прим. ред.

Семенная жидкость в норме стерильна. При эякуляции может происходить контаминация спермы микроорганизмами уретры. – Прим. науч. ред.

Вероятно, имелись в виду гидролитические ферменты, расщепляющие бактериальные клетки, или фагоцитарные реакции. – Прим. науч. ред.

Гастрея – двуслойный организм с полостью первичного кишечника, развившейся путем впячивания. По гипотезе Э. Геккеля, является родоначальной стадией развития многоклеточных организмов. – Прим. ред.

Речь идет о песне Old Friends музыкального дуэта Simon and Garfunkel и строках из песни: How terribly strange to be seventy. – Прим. ред.

Эукариоты – это живые организмы, клетки которых содержат ядро. – Прим. ред.

Фагоциты – это клетки имунной системы, которые защищают организм путем поглощения вредных чужеродных частиц. – Прим. ред.

Аттрактанты – это природные или синтетические вещества, привлекающие животных.

Голобионты – это организмы, обитающие в пересоленных водоемах.

Рефлюкс – это обратный ток содержимого полых органов по сравнению с его нормальным движением. – Прим. ред.

Цитотоксины – это антитела, возникающие при имунизации клеточными элементами.

Toll (англ.) – пошлина, сбор. – Прим. пер.

Класс! (нем.) – Прим. пер.

Вероятно, от глагола schnurren (нем.) – жужжать, мурлыкать. – Прим. пер.

Клегер и др.: Трансплантация фекальной микрофлоры при устойчивом к терапии колите, вызванном Clostridium difficile. Немецкий врачебный справочник (Deutsches Ärzteblatt). Том 110. С. 108, 2013.

При одновременном наличии большого количества жировых отложений в области живота, повышенном кровяном давлении и начальной стадии диабета медики говорят о метаболическом синдроме. В этом случае особенно повышается риск инфарктов, инсультов и сердечной недостаточности, кроме того, увеличивается вероятность возникновения других серьёзных заболеваний, таких как рак или слабоумие. Спорным является вопрос о том, можно ли считать сам по себе метаболический синдром заболеванием. Серьезные жалобы при нём, как правило, отсутствуют. Таким образом, критики данной точки зрения рассматривают метаболический синдром как болезнь, придуманную врачами из коммерческих побуждений.

Vrieze et al.: Transfer of intestinal microbiota from lean donors increases insulin sensitivity in individuals with metabolic syndrome. Gastroenterology 2012; 143:913 – 16 e7.

Bokulich et al.: Microbial biogeography of wine grapes is conditioned by cultivar, vintage, and climate. PNAS 2013 doi: 10.1073 /pnas.1317377110.

Elahi et al.: Immunosuppressive CD71 + erythroid cells compromise neonatal host defence against infection. Nature, 2013 doi:10.1038 /nature12675.

Биотой называется совокупность организмов одной экосистемы, а микробиота – соответственно совокупность микроорганизмов одной экосистемы. Микробиоту человека формируют, таким образом, все микроорганизмы, находящиеся внутри него и снаружи на нем, его кишечную микробиоту – микроорганизмы в его кишечнике, кожную микробиоту – микроорганизмы на его коже и т. д.

Йэльский эксперимент с ногтями http://health.ninemsn.com.au/whatsgoodforyou/theshow/694617/what-really-lives-under-the-nails-we-chew.

Findley et al.: Topographic diversity of fungal and bacterial communities in human skin. Nature. Том 498. С. 367, 2013.

Moolenaar et al.: A prolonged outbreak of Pseudomonas aeruginosa in a neonatal intensive care unit: did staff fingernails play a role in disease transmission? Infection Control and Hospital Epidemiology. Том 21. С. 80, 2000.

Costello et al.: Bacterial Community Variation in Human Body Habitats Across Space and Time. Science. Том 326. С. 1694, 2009.

Staudinger et al.: Molecular analysis of the prevalent microbiota of human male and female forehead skin compared to forearm skin and the influence of make-up. Journal of Applied Microbiology. Том 110. С. 1381, 2011.

Verhulst et al.: Differential Attraction of Malaria Mosquitoes to Volatile Blends Produced by Human Skin Bacteria. PLoS ONE. Том 5. С. Е15829, 2010 Verhulst et al.: Composition of Human Skin Microbiota Affects Attractiveness to Malaria Mosquitoes. PLoS ONE. Том 6. С. Е28991, 2011.

Meadow et al.: Significant changes in the skin microbiome mediated by the sport of roller derby. PeerJ. Том 1. С. E53, 2013.

Song et al.: Cohabiting family members share microbiota with one another and with their dogs. ELife. Том 2. С. E00458, 2013.

Пост в блоге Данна (Rob Dunn), посвященный обескураживающему изобилию видов, обитающих в пупке. blogs.scientificamerican.com/guest-blog/2012/11/07/after-two-years-scientists-still-cant-solve-belly-button-mystery-continue-navel-gazing/ .

Liu et al.: The Otologic Microbiome. A Study of the Bacterial Microbiota in a Pediatric Patient With Chronic Serous Otitis Media Using 16SrRNA Gene-Based Pyrosequencing. Archives of otolaryngology – Head & Neck Surgery. Том 137. С. 664, 2011.

Dong et al.: Diversity of Bacteria at Healthy Human Conjunctiva. Investigative Ophthalmology & Visual Science. Том 52. С. 5408, 2011.

The Human Microbiome Project Consortium: Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. Том 486. С. 207, 2012.

Srinivasan et al.: Temporal Variability of Human Vaginal Bacteria and Relationship with Bacterial Vaginosis. PLoS One. Том 5. С. E10197, 2010.

Hou et al.: Microbiota of the seminal fluid from healthy and infertile men. Fertility and Sterility. Том 100. С. 1261, 2013.

Ma et al.: Consistent Condom Use Increases the Colonization of Lactobacillus crispatus in the Vagina. PLoS One. Том 8. С. e70716, 2013 доступно online по ссылке: plosone.org/article/info: doi/10.1371/journal.pone. 0070716 #authcontrib.

Belda-Ferre et al.: The oral metagenome in health and disease. ISME Journal. Том 6. С. 45, 2012.

Первопроходец микроскопии Антони ван Левенгук (Antoni van Leeuwenhoek) первым занялся наблюдением за бактериями в конце XVII века, в том числе на примере образцов собственного зубного налета. Интересно, что именно с помощью генного анализа зубного налета человека микробиолог Дэвид Релман (David Relman) в 1999 году доказал, что микробиота, обитающая на человеке и в его организме, включает в себя гораздо большее число видов, чем было известно ранее и чем возможно вырастить в лабораторных условиях.

Aas et al.: Defining the normal bacterial flora of the oral cavity. Journal of Clinical Microbiology. Том 43. С. 5721, 2005.

Desvarieux et al.: Changes in clinical and microbiological periodontal profiles relate to progression of carotid intima-media thickness: the oral infections and vascular disease epidemiology study. Journal of the American Heart Association. Том 2. С. E000254, 2013.

Cockburn et al.: High throughput DNA sequencing to detect differences in the subgingival plaque microbiome in elderly subjects with and without dementia. Investigative Genetics. Том 3. С. 19, 2012.

Bollinger et al.: Biofilms in the large bowel suggest an apparent function of the human vermiform appendix. Journal of Theoretical Biology. Том 249. С. 826, 2007.

Dethlefsen et al.: The pervasive effects of an antibiotic on the human gut microbiota, as revealed by deep 16S rRNA sequencing. PLoS Biology. Том 6. С. Е280, 2008.

Lieberkühn: De fabrica et actione villorum intestinorum tenuium (1745), доступно в электронном виде по ссылке: https://archive.hshsl.umaryland.edu/handle/10713/3443.

Предшественниками этой первичной кишки были просто скопления клеток, которые принимали питание и выделяли отходы. Лишь позднее появились животные с углублением в подобном скоплении клеток, которое выглядело примерно как мешок с одним отверстием, и еще позднее сформировалась кишка как таковая, в том виде, в каком ею обладает человек: труба, имеющая входное и выходное отверстия. Когда случился этот первый важный контакт между бактериями, никто не знает, однако это определенно произошло на очень ранней ступени эволюции.

Бактерии не имеют клеточного ядра, как и археи (которые ранее назывались архебактерии), они относятся к прокариотам. Растения, грибы и животные, напротив, имеют клеточное ядро и называются эукариотами.

Использование животных и их убийство с целью использования – тема, вызывающая множество противоречий. Авторы данной книги это полностью осознают. Соответствующая этическая дискуссия имеет большое значение, однако в данном разделе она могла бы увести слишком далеко от темы. Здесь мы стараемся лишь прояснить, что может представлять собой взаимность в эволюционно-биологическом смысле. Так, например, племенной хряк, не подвергаясь опасности со стороны диких животных и не имея необходимости заботиться о пропитании, может стать отцом тысяч поросят, часть из которых, в свою очередь, также обзаведется потомством, – это эволюционное преимущество предоставляет ему человек, а в условиях дикой природы такое совершенно немыслимо.

Тем не менее сельскохозяйственные животные, в том числе коровы, в таких странах как США, по-прежнему получают с кормом «субтерапевтические дозы» антибиотиков, так как это стимулирует их рост, см. гл. 9.

Alegado et al.: A bacterial sulfonolipid triggers multicellular development in the closest living relatives of animals. eLife Oktober 2012, online abrufbar unter: elife.elifesciences.org/content/1/e00013.

Фрауне и Бош (Fraune und Bosch): Long-term maintenance of species-specifi c bacterial microbiota in the basal metazoan Hydra. PNAS. Том 104. С. 13146, 2007.

Под «бактериальными вариантами» здесь понимаются образцы, различающиеся между собой как минимум на три процента своей генетической последовательности, так называемые «операциональные таксономические юниты», сокращенно «ОТЮ» («OTUs»), такое название используется, поскольку у биологов возникают трудности с понятием «вид» применительно к бактериям.

Franzenburg et al.: Distinct antimicrobial peptide expression determines host species-specifi c bacterial associations. PNAS 2013. Том 110, E37308. doi: 10.1073/pnas.1304960110.

Annison (Эннисон) и Bryden (Брайден): Perspectives on ruminant nutrition and metabolism I. Metabolism in the rumen. Nutrition Research Reviews. Том 11. С. 173, 1998.

Rosenthal et al.: Localizing transcripts to single cells suggests an important role of uncultured deltaproteobacteria in the termitegut hydrogen economy. PNAS 2013. Том 110. С. 16163 doi: 10.1073/pnas.1307876110.

Второе наименование растения звездчатка средняя (мокрица) по-немецки звучит как «куриная кишка»(Hühnerdarm), однако данное название, очевидно, не имеет никакого отношения к органу пищеварительной системы. Она также представляет собой, прежде всего с точки зрения взаимности, о которой шла речь в этой и предыдущей главе, отнюдь не просто сорняк. Она весьма эффективно защищает почву, например, виноградников от эрозии и высыхания, кроме того, ее употребляют в пищу и используют как лечебную траву.

Брукер и Борденштейн (Brucker und Bordenstein): The hologenomic basis of speciation: gut bacteria cause hybrid lethality in the genus Nasonia. Science. Том 341. С. 667, 2013.

Определение бактериальных вариантов см. в сноске 37.

Мейер (Meyer): Тайны Антони ван Левенгука (Antoni van Leeuwenhoek). Издание Pabst Science Publishers, Ленгерих 1998.

Узелками доильщиц называют гнойные язвы, которые образуются на руках и кистях при заболевании вирусом коровьей оспы.

Bassi: Del Mal del Segno, Calcinaccio o Moscardino, 1835, доступно online (ит.) по ссылке http://biochimica.bio.uniroma1.it/bassi1f.htm .

Woese et al.: Towards a natural system of organisms: Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. PNAS. Том 87. С. 4576, 1990.

Letulle: Origine infectieuse de certainsulcères simples de l’estomac ou du duodénum. Societe Medicale des Hopitaux de Paris. Том 5. С. 360, 1888.

Бёттхер (Böttcher): О генезе перфорированной язвы желудка. Дорпатские доклады (Dorpater Berichte). Том 5. С. 148. 1874.

Блазер (Blaser): Возбудитель язвы желудка. Спектр науки (Spektrum der Wissenschaft), 4/1996. С. 68.

Richter et al.: Helicobacter pylori and Gastroesophageal Refl ux Disease: The Bug May Not Be All Bad. American Journal of Gastroenterology. Том 93. С. 1800, 1998.

Например, люди, у которых не выявлен H. pylori, легче набирают вес, вероятно, это связано с тем, что микроб регулирует аппетит. Очевидно, он делает это, воздействуя на гормон насыщения лептин, – хотя неизвестно, какую пользу ему это приносит.