Первые золотые находки стали попадаться ныряльщикам в начале второго сезона работ. Был найден фрагмент золотого блюда ручной работы. На нем была изображена женщина в струящемся платье с вазой с цветами. В левой руке она держала букет роз. Маленькая собачка прыгала у её ног. Цветочный орнамент украшал фрагмент по краям. Впоследствии было найдено большинство из осколков блюда. Согласно документам Севильского архива по делам Индии, галеон вез подарок короля Испании японскому императору – блюдо из чистого золота и набор с кувшинами. Во время официального расследования гибели судна испанские власти обвинили губернатора Манилы в незаконном присвоении этих предметов и попытке их возвращения в Испанию в качестве личного груза. Золотое блюдо с женщиной было важной находкой, но были и другие, которые впечатляли гораздо сильнее. Так, ныряльщик Энт Навин, сварщик с Борнео, нашел маленькую золотую туфельку, инкрустированную алмазами и бриллиантами. В туфельке могли храниться духи или другая парфюмерия – это уникальное ювелирное изделие китайских мастеров XVII века, не имеющее аналогов.

Повезло и Майклу Флэкеру, инженеру и подводному оператору из Австралии, который поднял 32 золотые цепи, каждая из которых была по полтора метра длиной. Все цепи лежали вместе и были скручены золотой проволокой. Они были погребены под двумя метрами осадков под узким выступом так, что его руки с трудом смогли до них дотянуться.

Аквалангистами были подняты более чем 1300 единиц золотых ювелирных изделий: цепи, кресты, четки, пряжки, филигранные пуговицы, кольца и броши с драгоценными камнями. Некоторые из менее ценных находок также были очень интересны. Например, 156 кувшинов для хранения пищевых продуктов, найденных на глубинах от 45 до 60 м, каждый весил более сорока килограммов. Реставраторы тщательно проанализировали содержимое кувшинов. В двух из них была застывшая восточная ароматическая смола, использовавшаяся как ладан-фимиам, а в других – мелкие кости, до сих пор сохранившие следы ножа бакалейщика. На кувшинах были выгравированы имена владельцев или испанские и китайские символы, указывающие на их содержимое: соль, уксус, селитра и вино. Но большинство кувшинов содержало питьевую воду, так как манильские галеоны не делали остановок в пути по пять – восемь месяцев.

Для обследования дна на глубинах, недоступных аквалангистам, «Тенгар» имел двухместный водолазный колокол. Также использовался робот с видеокамерой, управляемой с поискового корабля. А там, куда не могли спустить колокол, применяли обитаемый подводный аппарат, вмещавший двух пилотов и наблюдателя. Данные глубоководных исследований подтвердили, что обломки крушения за несколько веков сбросило с рифа на глубину до 80 метров.

Работа по консервации находок велась круглые сутки. После очистки каждый предмет был измерен, сфотографирован, зарисован на бумаге. Все детали, включая точное местонахождение предмета, были включены в компьютеризированную базу данных для итогового отчета.

Раскопки «Нуэстра Сеньора де ла Консепсьон» стали одним из самых успешных подводных археологических проектов в Тихом океане.