Во время Первой мировой войны о. Георгий находился в Ставке Верховного Главнокомандующего: объезжал фронты, посещал передовые позиции. Подавал пример самоотвержения и пастырского служения на войне. Награжден Георгиевскими медалями трех степеней и орденом святого благоверного Александра Невского.

С ноября 1915 г. по май 1917 г. член Св. Синода. С осени 1917 г. член Всероссийского Поместного Собора и товарищ его председателя. В 1917 г. на съезде военного духовенства был избран пожизненным главой русского военного ведомства. Имя о. Георгия называлось на Всероссийском Поместном Соборе 1917–1918 гг. в числе кандидатов на Патриарший престол, но он сам снял свою кандидатуру 30 октября/ 12 ноября 1917 г. перед голосованием по избранию трех кандидатов на Патриаршество – Антония (Храповицкого), Арсения (Стадницкого), Тихона (Беллавина). Входил в состав Высшего Церковного Совета при Св. Патриархе.

В 1918 г. через Пинские болота перебрался в Киев, оттуда в ставку А. И. Деникина. Содействовал созыву в Ставрополе Церковного Собора, товарищем председателя которого был избран. Входил в состав Высшего Церковного Управления на Юге России. Был редактором «Церковных Ведомостей».

Новороссийск стал последним русским городом, из которого он отплыл из России, разделив судьбу русских изгнанников. Временно разместился вместе с частями Белой армии на о. Лемнос.

В 1920 г. после отказа владыки Гермогена (Максимова) отслужить панихиду по императору Николаю II, он согласился отслужить, но, как ядовито писал известный психиатр Н. Краинский, не по царю, а просто по рабу Божьиму Николаю, ведь он «бывший самодержец»! Симптоматичен, подчеркивает С. Фомин в «Русском вестнике», и отзыв самого царя в 1916 г. о Шавельском: «Не чувствую себя в настроении исповедоваться у Шав[ельского], потому что боюсь, чтобы оно не принесло вместо мира и спокойствия душе обратного!». Не сложились отношения у Шавельского и с митрополитом Антонием (Храповицким), которого он задел в одной из своих статей, намекнув на «злословие и блудословие» – владыки, что было несправедливым. По сути дела, резкость высказываний о. Георгия, его «странные» поступки, вызывавшие возмущение, – все это вело к увеличению врагов, критиков протопресвитера в среде высших иерархов. А как можно было смотреть на того, кто считал монашество отжившим свой век церковным институтом?

Судя по его воспоминаниям, он был действенным защитником многих военных от несправедливостей, заступаясь за них перед высшим военным руководством.

С Лемноса выехал в Болгарию. Служил в Софии рядовым священником в русском храме. Преподавал в Софийской духовной семинарии и на Богословском факультете Софийского университета, где читал курс «Православное пастырство». Учил Закону Божьему детей в русской гимназии, во главе которой стоял одно время. С 1926 г. являлся председателем Софийской академической группы.

Активно сотрудничал с болгарскими церковными журналами и изданиями. Много писал по вопросам церковной администрации и религиозного воспитания.

Вышел из РПЦЗ после раскола, расцененного им как «позор» и «безумие».

Принял предложенный митрополитом Софийским Стефаном пост почетного священника в церкви св. Седмичисленницы, на котором, находясь в составе Болгарской Церкви, оставался до конца жизни.

Принадлежал к числу сторонников создания нового типа ученого монашества по образцу «просвещенного немецкого пастората» протестантской Германии. Во второй половине 1940-х гг. напечатал в Ежегоднике Богословского факультета статью, посвященную «острой критике монашества в России, того монашества, которое и он считал (в этом основная идея его работы) учреждением церковным, отжившим свой век».