Подобно своему предшественнику, патриарху Феофану, Паисий усиленно заботился поддерживать близкие сношения с московским правительством, чтобы пользоваться его милостыней для поддержания бедствующих Святых Мест, для борьбы с католиками и армянами, которая и при нем, как и при Феофане, велась с напряжением и иногда принимала настолько острый характер, что самой жизни мужественного патриарха грозила серьезная опасность. В видах получения богатой милостыни от московского правительства Паисий вскоре по вступлении на патриарший престол лично отправился в Москву. Но он в этом случае преследовал и другие цели, а именно политические, которые играли очень выдающуюся и характерную роль в его сношениях с московским правительством. Он вошел в близкие сношения с гетманом Хмельницким, поднявшим очень удачное восстание против поляков, и, благословляя его на борьбу, сделался посредником между ним и московским правительством, имея в виду привести их к взаимному соглашению, к признанию казаками подданства московскому царю. Затем Паисий вошел в тесные сношения с господарями Молдавии и Валахии и употреблял все усилия привести их, с одной стороны, в соглашение с [с. 186] Хмельницким, а с другой – с Москвой, долженствовавшей, по его мысли, сделаться опорой и главой целого союза православных народностей, которые под верховным руководством московского царя начнут потом решительную борьбу с турками в видах своего освобождения из-под их ига. Таким образом, патриарх Паисий увидел и признал в Московском государстве ту политическую силу, которая с течением времени должна была сделаться орудием для низвержения турецкого господства и восстановления свободы православных народов, и, конечно, главным и первым делом греков. Именно для достижения этой конечной цели Паисий и отважился на очень рискованную для его положения и самой жизни роль – посредника-примирителя между Москвой, казаками и Молдо-Влахией.

[С. 187] Преемником патриарха Паисия на Иерусалимской патриаршей кафедре сделался Нектарий, который был посвящен в патриархи 9 апреля 1661 года в Иерусалиме, где он и прожил первый год своего патриаршества. В 1662 году он отправился в Константинополь, откуда в сентябре 1668 года прибыл в Яссы. Нектарий был человек очень болезненный, малоэнергичный и предприимчивый, более склонный к спокойной и кабинетной деятельности – за время своего патриаршества он не вступал даже в обычную для других патриархов борьбу с католиками и армянами. Из имеющихся у нас под руками документов не видно, чтобы Нектарий, сделавшись патриархом, извещал о своем избрании и постановлении московское правительство особою грамотой и чтобы он, подобно своим предшественникам, стремился войти в близкие сношения с московским правительством, заботился приобрести его особое расположение в видах получения милостыни и уже вовсе не помышлял о тех политических затеях, которым так горячо был предан его предшественник Паисий. Но и при своем осторожном и сдержанном отношении [С. 188] к русскому правительству Нектарий все-таки волей-неволей должен был принять участие в тогдашних смутных русских церковных событиях, а именно, в суде над патриархом Никоном.

В июле 1658 года святейший патриарх Никон неожиданно оставил патриарший престол и удалился в построенный им Воскресенский монастырь, не желая в то же время окончательно отказаться от патриаршества. Это последнее обстоятельство поставило правительство в крайне затруднительное положение, так как выбор нового патриарха был невозможен, пока оставался нерешенным вопрос о Никоне. В 1660 году в Москве был собран Собор, который должен был рассмотреть и порешить дело о Никоне. Собор сделал такое постановление: «Чужду быти Никону патриаршескаго престола и чести, вкупе и священства и ничем не обладать». После такого категорического решения о Никоне, по-видимому, оставалось только приступить к избранию и постановлению нового патриарха. Но на такой шаг не решилось правительство, так как сам Никон открыто и решительно отрицал право подчиненных ему епископов судить его – своего главу, признавая это право только за Константинопольским патриархом, и так как архимандрит полоцкого Борисоглебского монастыря Игнатий Иевлевич, а затем и известный Епифаний Славинецкий тоже высказались против права Собора 1660 года судить Никона. Ввиду этих обстоятельств правительство принуждено было признать Собор 1660 года неудавшимся и отказаться от исполнения состоявшегося на нем определения относительно Никона, вследствие чего вопрос о Никоне по-прежнему остался открытым, по-прежнему правительство не знало, что ему делать [С. 189] с бывшим патриархом. Тогда за решение этого дела взялся известный газский митрополит Паисий Лигарид, прибывший в Москву 12 февраля 1662 года по приглашению бывшего патриарха Никона, который думал найти в нем своего сторонника, а нашел самого заклятого врага.