Шесть лет провел преподобный Максим в Иосифо-Волоцком монастыре, заточенный в сырой и тесной келье, в темноте, смраде и холоде, полностью лишенный своих привычных ученых занятий, так как писать ему было запрещено, а все книги были у него отобраны. Не мог он утешиться и общением с братьями во Христе: игуменом монастыря был один из последователей митрополита Даниила, в силу чего и братия, в большинстве своем, крайне враждебно относилась к узнику. Но самым тяжелым было для преподобного Максима лишение Причастия. Впрочем, хотя люди несправедливо лишили его внешнего приобщения Святых Таин, Сам Господь не лишил праведника общения с Собой и не оставил его без утешения. Однажды, когда преподобный Максим молился в своей темнице, ему явился Ангел Господень и утешил его, говоря: «Терпи, старец: этими временными страданиями ты избавишься вечных мучений». Ободренный этими святыми словами, преподобный вознес хвалу Господу и не впадал более в уныние. На стене его кельи впоследствии нашли начертанный углем канон Пресвятому Духу Утешителю, составленный Максимом в заточении. Строки этого канона (ныне принятого в литургическое употребление) дышат неколебимым упованием на Господа и благодарностью Ему за все, в том числе и за испытания.

В 1531 году состоялся новый суд над преподобным Максимом (судя по некоторым косвенным историческим свидетельствам, причиной этому могло послужить ходатайство афонского Протата за невинно осужденного узника). Но этот суд не оправдал Максима: ведь у власти по-прежнему находились его враги. Единственным облегчением его участи стал его перевод из Волоколамской обители в Тверской Отроч монастырь, под надзор Тверского епископа Акакия, человека доброго и сострадательного. Он хорошо обходился с узником, приглашал его к своей трапезе и, что было особенно важно для преподобного, разрешил ему читать книги и писать. Но снять с узника запрет на Причастие и участие в церковных службах епископ не мог.

Преподобный Максим принимал свою участь с прежним смирением и упованием на Господа. Вот что писал он в дни заключения для увещания и утешения собственной страждущей души: «Не тужи, не скорби и не тоскуй, любезная душа, о том, что страждешь без правды от руки тех, от которых следовало бы тебе принять все блага, так как ты питала их духовною трапезою, исполненною Святаго Духа, то есть толкованием Богодухновенных песнопений Давидовых, которые и перевел с греческого на русский язык; а потому благодари твоего Владыку и прославляй Его, что сподобил тебя в нынешнем житии, временными скорбями, заплатить с прибылью весь долг. И так внимай себе, да не помыслишь, что время сие есть время сетования; напротив, признавай, что это время Божественной радости, да не постраждешь, окаянная, сугубою нищетою, мучимая за свою неблагодарность в настоящем и в будущем веке. Если так вооружаешь себя всегда, радуйся и веселись, ибо награда твоя многа на небесах, как об этом говорит Небесная Истина».

Так прошло еще три года. В 1534 году скончался великий князь Василий Иоаннович, и преподобный Максим надеялся, что с кончиной прогневавшегося на него государя кончится и опала. Он написал московским боярам, правившим за малолетнего наследника, письмо, в котором просил снять с него клеветнические обвинения и отпустить его на свободу. Но бояре, занятые интригами и борьбой за власть, оставили без всякого внимания просьбу невинного страдальца.

В 1539 году один из главных гонителей преподобного Максима, митрополит Даниил, был отправлен на покой в монастырь. На митрополичий престол взошел благочестивый игумен Свято-Троицкой Сергиевой Лавры Иоасаф. Узнав об этом, преподобный направил новому митрополиту просьбу о помиловании и освобождении. Иоасаф и до восшествия на митрополичий престол был уверен в невиновности Максима, но не мог единолично оправдать его: для этого нужно было согласие светских властей, а правившие в ту пору боярские группы по-прежнему не желали замечать прошений невинно осужденного просветителя. Однако митрополит своей духовной властью снял с Максима все прещения, допустив его к Причастию и службам. Невозможно описать словами великую радость, которую испытал преподобный, впервые за долгие тринадцать лет приступая к Божественным Телу и Крови!