В 1498 году Иоанн получил достоверные сведения, что Александр не только неволит жену принять латинство, но вместе со смоленским епископом Иосифом, изменившим православию, собирается обратить в латинство и всех наших единоверцев, православных подданных Литвы, за что папа обещает Александра причесть к лику святых. Подьячий Шестаков писал по этому поводу из Литвы наместнику города Вязьмы, князю Оболенскому, следующее: «Здесь у нас произошла большая смута между латинами и нашим христианством: в нашего владыку Смоленского дьявол вселился да в Сапегу еще, встали на православную веру. Князь великий неволит государыню нашу, великую княгиню Елену, в латинскую проклятую веру; но государыню нашу Бог научил да помнила науку государя отца своего, и она отказала мужу так: „Вспомни, что ты обещал госу дарю, отцу моему; а я без воли государя, отца моего, не могу этого сделать. Да и все наше православное христианство хотят окрестить; от этого наша Русь с Литвою в большой вражде. Этот списочек послал бы ты к государю, а государю самому не узнать“».

Получив эти сведения, Иоанн тотчас же отправил в Литву Ивана Мамонова и велел сказать дочери наедине от себя и от матери Софии Фоминичны, чтобы она пострадала до крови и до смерти, а греческой веры не меняла.

«Так и поступила сия юная добродетельная княгиня, – говорит Н.М. Карамзин, – ни ласки, ни гнев мужа, ни хитрые убеждения коварного отступника, смоленского владыки, не могли поколебать ее твердости в законе: она всегда гнушалась латинством, как пишут польские историки».

Между тем гонение в Литве на православие продолжалось, причем Александр обещал Киевскую митрополию епископу Иосифу Смоленскому. Этот неверный пастырь в угоду Александру ездил с виленским католическим епископом и бернардинскими чернецами из города в город и старался склонить православных жителей в латинство, ложно извращая слова Христовы: «Да будет едино стадо и един пастырь», а папа Александр Борджиа послал объявить в красноречивой булле (послании) свою радость о том, что еретики наконец озаряются светом истины.

Неразумное усердие Александра к латинству вызвало большое возмущение среди его православных подданных, как простых людей, так и знатных вельмож, которые, видя утеснение своей вере, стали поддаваться московскому государю вместе со своими отчинами еще в больших размерах, чем прежде. Первым из них был именитый князь Семен Бельский; за ним последовали князья Мосальские и Хотетовские и многие бояре; наконец, по причине гонений за веру перешли к московскому князю и бывшие до сих пор его заклятые враги: князь Василий Иванович Рыльский, внук Шемяки, и сын приятеля Шемяки князь Семен Иванович Можайский. Оба они поддались со своими огромными владениями на Литве: князь Василий с городами Рыльском и Новгородом-Северским, а князь Семен Можайский с Черниговом, Стародубом, Гомелем и Любечем.

Наконец Александр спохватился, увидя, что зашел слишком далеко в преследовании православия. Чтобы отвратить войну с Москвой, он послал к Иоанну своего наместника смоленского Станислава, написав в грамоте полностью все наименование Иоанна и назвав его государем всея Руси; при этом он требовал, чтобы и Иоанн Васильевич исполнил со своей стороны их договор, по которому московский великий князь не мог принимать впредь переходивших из Литвы князей вместе с их волостями. Александр требовал также выдачи князя Семена Бельского и других, которых будто бы «он никогда не думал гнать за веру».

«Поздно брат и зять мой исполняет условия, – отвечал Иоанн Васильевич. – Именует меня наконец государем всея России; но дочь моя еще не имеет придворной церкви и слышит хулу на свою веру от Виленского епископа и нашего отступника Иосифа. Что делается в Литве? Строят латинские божницы в городах русских; отнимают жен от мужей, детей у родителей и силою крестят в закон Римский. То ли называется не гнать за веру? И могу ли видеть равнодушно утесняемое православие? Я ни в чем не преступил условий мира, а зять мой не исполняет их!»