6 марта Шиг-Алей выехал из города, а боярин князь Семен Микулинский отправил туда в тот же день извещение, что он назначен государевым наместником по челобитью казанцев, почему и приглашает их лучших людей приехать в Свияжск для принесения присяги.

На следующий день казанцы прислали в Свияжск своих лучших людей, которые там и присягнули, после чего князь Микулинский отправил свой обоз в город под прикрытием отряда из боярских детей, казаков и 72 пищалей; отряд этот благополучно вошел в Казань, и к городу уже подходил с остальной ратью сам Микулинский, уверенный, что все обстоит совершенно мирно, как вдруг дело приняло неожиданный оборот: трое вельмож, противников Шиг-Алея, успели возбудить казанцев против русских, уверяя, что мы хотим их всех перебить. Возбужденный народ, и без того недовольный переходом под власть православного царя, взялся за оружие и стал затворять ворота перед самым uoaxoaom к ним войск князя Микулинского. Вслед за тем Микулинский, тщетно простояв под Казанью полторы недели, вернулся назад в Свияжск и послал о происшедшем донесение государю, ожидая указаний для дальнейших действий.

Казанцы в это время взяли себе в цари астраханского царевича Едигера; судьба же боярских детей, прибывших в город с обозом князя Микулинского, была печальна: «тех же воеводских юнош, – говорит летописец, – в Казань впустивше, и яша всех, и понудиша их прежде ласканием отрещися веры христьянския и прияти веру басурманскую, яко в чести велицеи будут у них: князи нарекутся и со единого с ними на Русь воевати учнут ходити. Они же возопиша вси единым гласом купно: "Не даждь Бог отлучитися веры Христовы и попрати святое крещение вас ради нечестивых и поганых человек"», после чего были преданы жесточайшим пыткам и казнены.

Узнав о происшедшем, Иоанн отправил на помощь князю Микулинскому в Свияжск шурина своего Ланилу Романовича Захарьина-Юрьева, а Шиг-Алею приказал ехать в Касимов; затем в апреле государь собрал совет по вопросу о большом походе на Казань; некоторые находили, что это повлечет за собой войну не только с Крымом, но и с ногайскими татарами, однако Иоанн, полагая, что настало время навсегда покончить с Казанью, решил лично отправиться к ней с большими силами и приступил к их сбору.

Между тем вести с Поволжья были не хороши: горная черемиса стала волноваться, а затем и перешла вся на сторону Казани, причем истребила несколько небольших русских отрядов; в Свияжске же, где кроме войска было скопление большого количества освобожденных из Казани пленников и пленниц, начался сильный мор от цинги, и вместе с тем шла весьма разгульная жизнь.

По получении об этом известия митрополит Макарий отправил в Свияжск послание, в котором уговаривал воинов крепко стоять за веру и блюсти чистоту душевную и телесную; послание это было прочитано после молебна и произвело сильное впечатление: разгул стих, а затем прекратился и мор.

Тем временем Иоанн усердно готовился к походу, то осматривая собиравшиеся полки, то занимаясь делами с боярами. Он вызвал в Москву Шиг-Алея и приказал ему идти также в поход с касимовскими татарами, причем дал ему в жены красавицу Суюнбеку. По-видимому, поводом к этому браку было нежелание Иоанна отпустить Суюнбеку к отцу, одному из могущественнейших владетельных ногайских князей – Юсуфу, который, имея в своих руках дочь и внука бывшего царя – младенца Утемиш-Гирея, мог бы предъявить тоже свои права вмешиваться в казанские дела, тем более что сведения о большом сборе московского царя на Казань были уже повсеместно известны и возбуждали сильную тревогу в мусульманских странах. Особенно близко к сердцу принимал их турецкий султан Солиман II Великолепный, ревностный покровитель всех магометан, хотя и находился под сильным влиянием своей любимой жены Роксоланы, русской пленницы, дочери рогатинского попа в Галиции. Эта Роксолана втайне оставалась православной и навсегда оставила по себе добрую память необычайно участливым отношением к пленным сородичам, для облегчения судьбы которых она, втихомолку от мужа, тратила огромные деньги.