Перед преподавателями небогословских наук, так же как и перед преподавателями богословских наук, ставили задачу научного роста. Кроме того, общий настрой Устава 1869 г. подразумевал необходимость преподавать все предметы в высшей духовной школе на научном уровне, чтобы вся система образования постепенно включала студентов в научно-исследовательский процесс. Но какими исследованиями должны были заниматься преподаватели небогословских кафедр, какие ученые степени они должны были получать? Ограничение научной аттестации в академиях одной специальностью – богословием – подразумевало для этих членов корпораций два выхода: либо представлять диссертации на богословские степени, стараясь сочетать темы со своей кафедральной специализацией; либо получать небогословские степени, соответствующие их кафедрам, в российских университетах. Однако это было не всегда просто, тем более каждая из гуманитарных наук имела свою специфику научных задач, методов, подходов, в которых представители этих предметов должны были совершенствоваться. Конечно, у преподавателей небогословских кафедр оставалась еще возможность получения специальных гуманитарных степеней в университетах. Но получать ученую степень, не имея профильного образования, было довольно сложно, и эти случаи были крайне редки. За все время действия Устава 1869 г. только два члена преподавательских корпораций, окончивших духовные академии, получили ученые степени в российских университетах. В 1877 г. выпускник МДА (1862) и экстраординарный профессор КДА по кафедре русской гражданской истории Ф. А. Терновский защитил диссертацию на степень доктора русской истории на историко-филологическом факультете Киевского университета св. Владимира[250]. В 1880 г. выпускник МДА (1862) и профессор по кафедре истории философии СПбДА М. И. Каринский получил степень доктора философии на философском факультете Санкт-Петербургского университета[251]. При этом Ф. А. Терновский занимал одновременно кафедру церковной истории на Историко-Филологическом факультете Киевского университета, что давало дополнительный стимул для получения исторической степени. Легче в этом отношении было членам духовно-академических корпораций, окончившим университеты и занявшим гуманитарные кафедры в академиях. Так, например, было с преподавателем по кафедре русской гражданской истории в МДА В. О. Ключевским[252].

Развитие специальных богословских исследований в академиях ставило вопрос и о некоторой специализации внутри богословских степеней. Действительно, сочетание специального развития всех наук, входящих в состав духовных академий, и монолитности богословских ученых степеней многим казалось несоответствием. Особый акцент на этом вопросе был поставлен в связи с введением в 1863 г. в российских университетах кафедр церковной истории (на историко-филологических факультетах) и церковного права (на юридических факультетах). С одной стороны, кафедры богословских наук должны были замещать выпускники духовных академий, имеющие богословские степени, с другой стороны, университетские факультеты желали иметь в своих корпорациях лиц, имевших профессиональную специализацию – историческую или правовую. Именно в эти годы шла дискуссия о том, какими учеными степенями должны обладать профессоры, преподающие эти науки на университетских факультетах: богословскими или специально-гуманитарными. Введение соответствующих ученых степеней в академиях решало бы эту проблему, добавляя к богословской учености специализацию, соответствующую профилю факультета.

Усиленная специализация, проводимая Уставом 1869 г. на всех уровнях образовательного процесса, скоро проявила как положительные, так и отрицательные стороны. Оборотной стороной углубления в конкретную область богословия как в учебном, так и в научном отношении оказалась фрагментаризация единого научно-образовательного богословия, которая в большей или меньшей степени стала проявляться и в научных исследованиях. Постепенно начал набирать силу центростремительный процесс: понимание важности целостного богословского знания, поиск взаимосвязей разных областей богословия, единых богословских методов. Тем не менее это не означало разочарования в специальных научных исследованиях, напротив, единство богословия должно ими укрепляться и обогащаться. Поэтому при разработке нового Устава духовных академий и Советы академий, и члены Комитета по разработке официального проекта вновь подняли вопрос о специализации ученых степеней.