В остальных проектах духовных академий 1867 г., в том числе и в «проекте меньшинства» СПбДА, появлялась мысль о некоторой специализации наук внутри академий[233]. Совершенствуя процесс высшего богословского образования, академии должны тем не менее готовить наставников в семинарии и по общеобразовательным предметам, то есть иметь в своем составе полный набор семинарских предметов[234]. Но оставалось два вопроса: в какой мере эти науки должны присутствовать в образовании каждого студента, и как должны определяться научные перспективы этих дисциплин? Последний вопрос неизбежно подразумевал и вопрос о небогословских ученых степенях в духовных академиях. Проект КазДА конкретизировал свое предложение, предлагая предоставить духовным академиям право присуждать ученые степени магистра и доктора философии[235].

Особый Комитет, учрежденный при Святейшем Синоде для разработки официального проекта нового Устава духовных академий[236], на первых же заседаниях определил главные принципы грядущего преобразования. В числе этих принципов было введение в академиях факультетской (отделенской) системы со специализацией ученых степеней по отделениям, а в отделениях – по группам однородных наук. Реализуя эти принципы в проекте Устава, Комитет предложил ввести три отделения – специально-богословское, богословско-историческое, философское (§ 3) и ученые степени по соответствующим наукам каждого отделения («богословские науки положительные», «богословские науки исторические», «науки философские»)[237]. Предвидя обвинение во включении философии в разряд специальных наук, имеющих особое отделение и ученые степени, Комитет приводил в защиту ряд аргументов. Подчеркивалось родство богословия и философии; параллельные пути приготовления людей к принятию спасения – через Закон и Писание или через разум и философию; значение философии для первых веков христианского богословия и святоотеческой апологетики; важность и успехи философии в русских духовных академиях[238]. Однако неоднородность философского отделения была очевидна: в него были включены науки филологические. В одном из черновых вариантов это отделение так и названо – филологическим[239]. Возможно, это было наследие старой системы: соединения всех гуманитарных наук (humaniorum) в духовной школе под именем словесных.

Архиереи, рецензирующие проект, высказали различные мнения как по вопросу включения в аттестацию небогословских специальностей, так и по вопросу о желательности внутренней дифференциации самих богословских степеней. Митрополит Иннокентий и созванный им комитет из профессоров МДА высказался против факультетского деления и специализации ученых степеней: богословские науки так тесно между собою связаны, что неудобно разделять их на особые группы по факультетам; дисциплины небогословские преподаются в академии не столь широко, чтобы требовать специальных отделений; богословская степень должна быть единой и неделимой. К тому же неясно: если в философское отделение включаются и филологические науки, и древние языки, то какую степень должен получать магистр философского отделения, если он специализируется, например, по греческому языку?

Митрополит Арсений, архиепископы Антоний и Евсевий, епископ Леонтий были против специализации наук по отделениям, изучения каждым студентом лишь части богословских наук, специализации ученых степеней. Во всей этой «насильственной» специализации они видели «раболепное следование университетскому уставу». Ранняя специализация деформирует сознание будущего богослова, заставит заниматься только теми из богословских наук, которые имеют отношение к его отделению и предполагаемой ученой степени. Для достижения главной цели духовного образования в академиях не должно быть отделений с правом давать степени по предметам небогословским. Все они считали, что степень доктора богословия должна даваться только лицам, имеющим священный сан и заслужившим того не одною ученостью, но и полезною службою Церкви