Но первая губернская реформа обнаружила и свои недостатки, среди которых было неэффективное трехуровневое управление. Это и стало причиной второй губернской реформы. Губернии были сохранены, но основной административной единицей становится провинция. Тогда же была предпринята попытка создать в провинциях независимый от исполнительной власти суд. В ведении провинциальных судов были гражданские и уголовные дела всех сельских жителей (исключая монастырских крестьян), а также горожан, не входящих в посад.

Губернская реформа нанесла удар по приказной системе. Многие приказы прекратили свое существование, их обязанности перешли к губернской администрации. Вслед за организацией губерний в 1711 г. вместо Боярской думы был организован Сенат. Он состоял из девяти человек, назначаемых монархом из старинной титулованной знати, малознатных родов, дельцов и дворян. Сенат являлся высшим законодательным, распорядительным и исполнительным органом при царе. Сенат был наделен широкими полномочиями. Так, он должен был заботиться о соблюдении правосудия, государственных доходах и расходах, явке дворян на службу и т.д. Кроме того, Сенат был органом надзора за правительственным аппаратом, причем надзор осуществлялся через фискалов. Вообще Петром I уделялось большое внимание созданию фискалитета и прокуратуры как контрольных учреждений.

С 1700 г. изменилось и положение церкви. В 1721 г. был создан Святейший Синод, занимавшийся церковными делами, например делами канонического характера, наблюдением за чистотой веры, борьбой с расколом, развитием духовных ценностей, цензурой и даже некоторыми вопросами семейного права. Этой реформой была упразднена власть патриаршества, церковь стала частью государственного аппарата.

В 1717–1721 гг. была упразднена сеть прежних государственных учреждений – приказов и по образцу Швеции создана система коллегий. Преимущество коллегий состояло в том, что они ведали определенными вопросами государственного управления и распространяли свою деятельность на всю территорию страны. Коллегии были подчинены Сенату. Система коллегий значительно упростила прежнюю путаницу ведомств. Коллегию возглавлял президент, при нем были советники и другие должностные лица. Нововведением стал и принцип коллегиального обсуждения текущих дел в коллегиях.

Центральную систему управления Россией составляли 12 коллегий:

1) Коллегия иностранных дел осуществляла сношения с иностранными государствами;

2) Военная коллегия ведала делами армии;

3) Коллегия адмиралтейская занималась морским флотом;

4) Штабс-коллегия ведала расходами государства;

5) Камер-коллегия ведала доходами государства;

6) Юстиц-коллегия ведала судебными делами;

7) Ревизион-коллегия осуществляла финансовый контроль;

8) Коммерц-коллегия управляла торговлей;

9) Мануфактур-коллегия управляла промышленностью;

10) Берг-коллегия отвечала за горное дело;

11) Вотчинная коллегия;

12) Главный магистрат осуществлял городское управление.

В 1720 г. на правах коллегии был создан Главный магистрат и утверждены городовые магистраты во всех губерниях и провинциях. Главный магистрат возглавлял местные органы городского самоуправления всей страны и осуществлял следующие функции: создавал магистраты на местах, организовывал проведение в них выборов, осуществлял надзор за исполнением магистратами административно-полицейских обязанностей, охранял сословные привилегии горожан, способствовал развитию торговли и ремесел, рассматривал апелляции на судебные решения магистратов и т.п.

Городские магистраты представляли собой сословные выборные органы, которые избирались на посадских сходах и наделялись достаточно широкой компетенцией в хозяйственной, полицейской и судебной деятельности. Кроме того, магистраты осуществляли статистические функции. Со временем полномочия городского магистрата были еще более расширены, так как включали в себя следующие функции: