Губное самоуправление было оплотом дворянства, которое заняло ведущие позиции в губных органах. Вначале губные органы занимались сыском разбойников, но постепенно их компетенция расширилась. Сначала губным старостам и целовальникам была передана часть судебно-административных дел кормленщиков (уголовные дела и полиция), затем к их ведению были также отнесены дела о воровстве, следствие, заведование тюрьмами, регистрация приезжих и проезжих людей и т.п.

Наместник уже не вмешивался в разбойные дела и только получал полагавшиеся ему судебные пошлины. В 1550 г. был издан новый «Царский судебник», где четко определялись права и обязанности наместников, предусматривались наказания за взяточничество и другие злоупотребления. Ряд статей посвящался ответственности наместников и контролю за ними со стороны местного населения. Устанавливался порядок подачи жалоб на наместников[8].

Дальнейшие шаги по созданию земских учреждений были проведены Иваном IV. В 1555–1556 гг. Иван Грозный издал приговор царский «О кормлениях и о службах», принял «Уставную земскую грамоту», внес изменения в Судебник. Данные мероприятия вошли в историю как земская реформа, сутью которой стала замена института наместничества выборными земскими учреждениями. Система кормления была упразднена, налог с населения (так называемый «кормовой оброк») стал поступать в ведение казенной, посольской и поместной изб. Местным населением сначала на неопределенный срок, а затем только на год избирались земские старосты и целовальники. На земские власти возлагались следующие функции:

1) раскладка, сбор и доставка податей с ответственностью за их недобор;

2) суд по «черным» делам (гражданские и мелкие уголовные дела).

Таким образом, в середине XVI в. основными сословно-представительными органами на местах были губные и земские избы – выборные самоуправляющиеся органы. Земские избы осуществляли финансово-налоговые функции, губные избы – полицейско-судебные дела. Именно отсюда пошло выражение «посадить на губу». Компетенция этих органов закреплялась в губных грамотах и земских уставных грамотах, подписываемых царем. Деятельность органов местного самоуправления контролировалась различными государственными отраслевыми приказами, число которых постоянно возрастало.

В начале 1560-х годов реформы были прерваны. Иван Грозный установил зависимость местных органов от центральной власти и ввел опричнину, которая подавила самоуправление на данных территориях. В опричных землях, то есть в особо выделенных владениях, принадлежащих лично государю, Иван Грозный установил особое управление по образцу общегосударственного: своя дума, свои приказы, своя казна. Оставшаяся часть территории страны именовалась земщина и управлялась по-прежнему: старыми государственными учреждениями и Боярской думой. Земское управление ведало общегосударственными делами под строгим контролем царя, без утверждения которого Боярская дума ничего не предпринимала. Сразу же после учреждения опричнины начался массовый террор.

Хотя в целом мероприятия Ивана Грозного не привели к формированию целостной системы местной власти, земская реформа позволила перестроить местное управление на сословно-представительных началах. Кроме того, к середине XVI в. были сформированы города, волости и уезды, как территориальные единицы для устройства местного самоуправления.

В XVII в. в системе государственного управления произошли функциональные изменения. Существенное сужение компетенции органов местного самоуправления было вызвано проводимой унификацией управленческих структур, которая была необходима в связи с расширением территории страны. В это время начался процесс формирования местных государственных учреждений, которые существовали в городах одновременно с местными учреждениями другого типа (таможнями, губными и земскими избами).