Приняв решение совершить хадж, 7 раджаба 1297 х. / 3 июня 1880 г. Марджани написал заявление казанскому губернатору с просьбой разрешить совершить паломничество. Спустя два месяца он получает разрешение. В это время Марджани уже начал собираться в дорогу. Свои дела и завещание, которое ему помог составить Садик ибн Сафа Галикай, он оставил своему брату Габдельвали ибн Габдулбасиру. Завещание было следующим.

«Бисмилляхир-рахманир-рахим. Я, раб Аллаха, мулла Шихабутдин ибн Бахаутдин ибн Субхан ибн ‘Абд ал-Карим ал-Марджани, находясь в здравом уме, светлой памяти и здоровом теле, завещаю: если меня постигнет смерть, мои наследники должны полностью выполнить моё завещание и поступить так, как это написано в этом и предшествующих ему завещаниях. При справедливых свидетелях заявляю, что билет в 1250 рублей под номером 62.784, вложенный в Вольский банк, я завещаю двум сыновьям – Мухаммаду, Махмуду и дочери Хаве. Пусть эта сумму будет разделена на пять частей, по две части достанутся сыновьям и одна – дочери. Билет в 4000 рублей, хранящийся под номером 62.784, завещаю своей жене Биби-Фатиме бинт ал-Хусаин. Также книги, являющиеся моим имуществом, я завещаю своим детям без возможности их продажи. Они не могут использоваться ни для чего другого, кроме чтения. Надёжному человеку они могут быть даны под расписку в пользование на короткое время. Да убережёт Аллах, но если мой род прервётся, пусть книги перейдут к другим моим родственникам и их детям с условием соблюдения всего вышенаписанного. На каждой из этих книг пусть будет написано моё имя и поставлена печать «имущество, завещанное моим детям на благотворительные цели». Пусть будет создан список с подробными их названиями и нумерацией.

Так как многие из принадлежностей, хранящихся у меня в шкафу, тарелки и блюдца, чашки и чайники я сохранил как память о предках, они не могут быть проданы или отданы другим людям. Пусть они будут наследством моих детей, пусть они и моя супруга, как и я, завещают их своим наследникам на таких же условиях. Эти вещи следует хранить в другом месте и в другом банке, отдельно от моих денег. Все деньги я заработал собственным трудом. Из них по 2000 наследуется двумя сыновьями, по 1000 рублей – двумя дочерьми, положенную ей часть получит супруга, остальное имущество пусть будет поделено согласно законам Аллаха и шариату Мухаммада, пусть не будет совершено ничего, противоречащего шариату. Данное завещание я написал собственной рукой, а обязанности по его выполнению согласно шариату возложил на казанского купца Мухаммад-Садик ибн Сафу и уроженца деревни Ашит Казанского уезда Габдулвали ибн Габдулбасира (‘Абд ал-Вали ибн ‘Абд ан-Басир). И в доказательство подлинности завещания ставлю именную печать (надпись на круглой печати: «Шихабутдин ибн Бахаутдин ал-Марджани»). 5 шаабана 1297 х. / 13 июля 1880 г. Я Шихабутдин ибн Бахаутдин ал-Марджани. В качестве свидетеля подписались Бурханетдин ибн Габдеррахим, казанский купец Зайнулла ибн Гусман, имам деревни Чувашли (Чуваш Иле) Габдельвали ибн Мухаммадрахим».

Дела прихода Марджани возложил на своего ученика и имама прихода Сенной мечети муллу Худжа Ахмад ибн Музаффара. Обязанности имама во время совершения пятикратного намаза он передал своему ученику мулле Бурханетдин ибн Габдуррахиму аш-Шабкави. Также попросил приготовить необходимые в дороге одежду и лекарства.

С собой Марджани взял Коран, книги «Бабириййа» («Бабур-наме»), «Тарих Абу-л-Гази» («История Абу-л-Гази»), «Субат ал-‘аджизин» («Стойкость обессиленных»), «Маджма‘ ал-адаб» («Сборник поэзии»), «Фадаил аш-шухур» («Достоинство месяцев»), «Мухтасар» («Сокращённое изложение») и по одному экземпляру своих изданных книг «Назура» («Обозрение»), «Хакк ал-ма‘рифа» («Истинное познание»), «ал-Фаваид ал-мухимма» («Важнейшие пользы»), «Мунтахаб ал-вафиййа» («Избранное из Подробного»).