Не только враги, но и друзья Марджани не одобряли того, что он преподавал в этой школе. Они всегда поднимали этот вопрос, чем очень беспокоили его. Особенно после совершения Марджани паломничества люди начали говорить, что хаджию совсем не пристало преподавать среди русских учителей.

Марджани был человеком, самостоятельно принимающим решения, любящим доводить начатое дело до конца, он не обращал внимания на шум, поднятый не понимающими сути дела людьми, на всё смотрел свысока. Признавая что-либо истинным, он придерживался этого, не сгибаясь перед противостоянием других, поэтому Марджани, как и прежде, продолжал свою деятельность. Он не обращал внимания на нападки окружающих и не спорил с ними. Даже своим друзьям, желающим ему блага, Марджани говорил: «Наш народ не понимает сути дела. Люди считают, что преподавание русского языка – это плохо, и думают, что обучать русскому языку будут до тех пор, пока этим занимается Марджани. Якобы, если я прекращу свою деятельность, никто не будет преподавать русский язык. Но дело обстоит иначе. Если для школы найдётся какой-нибудь хороший преподаватель, я и сам подумываю оставить эту работу».

Несмотря на то что Марджани хотел продолжать заниматься этим делом, терпеливо снося все трудности, позже между ним, инспекторами и учителями этой школы возникли разногласия, и он был вынужден оставить эту работу. Главной причиной этого было следующее. Марджани считал, что для жизни татарской нации и её развития, для сохранения религии и народа необходимо увеличить число татар, владеющих религиозными знаниями и знающих русский язык. По его мнению, именно эти люди должны служить народу в качестве имамов или учителей. Радлов был солидарен с ним в этом мнении и часто говорил: «Лучший путь для прогресса татар – увеличение числа мулл, хорошо знающих и русский язык». (Эти слова я неоднократно слышал от Фасихутдина-эфенди, работавшего в этой школе учителем религии.)

Воплощая в жизнь эту идею, Марджани старался принимать в школу лишь людей, кроме арабской морфологии и синтаксиса ещё знающих и исламские науки. Он считал, что обучение русскому языку человека, не умеющего ни читать, ни писать по-мусульмански, не знающего ничего об исламе, может стать причиной его отдаления от родного языка и письменности, и поэтому по возможности старался не брать таких людей. Он не ждал ничего хорошего от обучения русскому языку тех, кто не имел представления о своей религии, родном языке и письменности. Часто перед учениками Марджани так высказывался по этому вопросу: «Ислам не против изучения языков других народов и получения образования. Ислам пытается пробудить в людях интерес к различным наукам. Но прежде всего нужно хорошо знать ислам и исправить вероубеждение. Если вера будет крепкой, лишь изучение русского языка не навредит. А вот обучаться только русскому языку, не зная ничего об исламе – дело неподобающее». (Мы многократно слышали эти слова от учеников Марджани.)

В течение нескольких лет после открытия мужской школы для подготовки учителей руководствовались этим правилом Марджани и не принимали учеников, плохо знающих ислам. Марджани было предоставлено право самому выбирать, какие предметы и по каким книгам он будет преподавать в свои часы. Но позже внимание к исламу стали уделять всё меньше и в школу стали принимать тех, кто не умел читать по-татарски и не имел даже начального образования по родному языку и исламу. А мнение Марджани стало отвергаться многими членами учительского состава. Тогда Марджани, должно быть, в качестве практического акта протеста стал преподавать арабские предметы, игнорируя учащихся, не умеющих писать. Они только ходили, следуя за другими. Но такое положение дел не понравилось инспекторам и некоторым учителям. Поэтому они решили, что этот факт, а также преклонный возраст Марджани являются причиной для прекращения его деятельности в школе. Спустя девять лет со дня принятия на работу и за пять лет до своей смерти, весной 1301 х./1884 г., он был отстранён от преподавания. Хоть Марджани и предложил вместо себя кандидатуру своего ученика, наиболее достойного этой должности (имама деревни Казаки Бурханутдина Шабкави), тот не смог устроиться на эту работу. На место Марджани был назначен Таиб Яхин, имеющий некоторые отношения с инспектором и работающий по его указке.