В училище учились два года. По качеству профессиональной подготовки Алексеевское училище в ту пору, когда учился в нем Б. М. Шапошников, считалось одним из лучших. Оно давало своим питомцам не только специальную подготовку для командира взвода, но и способствовало их чисто военному и общему развитию. Программой, рассчитанной на два года, предусматривалось изучение тактики различных родов войск применительно к существовавшей тогда организации: общая тактика (на старшем курсе) с кратким понятием о стратегии; уставы; законоведение; военная администрация; военная история, главным образом русская, от Петра I до Русско-турецкой войны 1877–1878 годов, механика, физика и химия; русская словесность; иностранные языки – французский и немецкий. По артиллерии и инженерному делу имелись хорошие кабинеты. Оценка успеваемости производилась по 12-балльной системе.

Вся жизнь в училище подчинялась строгому распорядку дня. Подъем в 6.30 утра, в 7.30 построение на утренний осмотр, затем утренний час, с 8.30 до 14.00 занятия в учебных классах с большой переменой в 11 часов, во время которой давался горячий завтрак (обычно котлета с черным хлебом, кружка чаю и два куска сахару). С 14 до 16 часов проводились строевые занятия. С 16 до 17 часов обед (из двух блюд; по праздничным дням и один раз среди недели давалось сладкое), после чего разрешался полуторачасовой отдых. С 18.30 до 20.00 – самостоятельная подготовка в классе уроков на следующий день. В 20 часов был вечерний чай (кружка чаю с белым хлебом), затем вечерняя перекличка и молитва. С 21.00 до 22.30 юнкера находились в своих помещениях, в читальне или в учебном классе. В 22.45 – отбой.

Все юнкера были на полном содержании военного ведомства, но никакого жалованья не получали. При переходе из младшего класса в старший держали экзамены.

Лагерный период обучения летом 1902 года завершал первый год пребывания Шапошникова в училище. Знаменателен для него он был участием в курских маневрах. Маневры эти проходили в конце августа, когда старшекурсники, уже произведенные в офицеры, разъехались в отпуск. Поэтому командиров для юнкерских взводов, участвовавших в них, подбирали из своих же первогодков.

Шапошникова, который выделялся успехами в учебе, назначили командиром взвода. Таким образом, уже в двадцать лет он впервые соприкоснулся с командирскими обязанностями в условиях, приближенных к боевым. Юнкерский батальон, включенный в состав «северной» армии, участвовал в ряде тактических столкновений с конницей «противника», осуществлял оборону редута, совершал другие маневры. Его умелые действия в ходе маневров были учтены впоследствии: на старшем курсе Шапошников был произведен в армейские унтер-офицеры и портупей-юнкера. Теперь в его обязанности наряду с учебой на втором курсе входило еще и командование взводом вновь набранного младшего класса.

Перед самым выпуском из училища были еще одни маневры, в которых довелось участвовать Борису Михайловичу, – звенигородские. Теперь под его командованием был взвод юнкеров, с которыми он занимался на протяжении всего года. И вновь он показал хорошие командирские качества, умение быстро принимать решения, отвечающие складывающейся обстановке, и твердо проводить их в жизнь.

Немногое свободное время, остававшееся от учебы в военном училище, Шапошников использовал преимущественно для приобщения к театру. Это увлечение его началось еще в Перми, где был неплохой театр, в последний год учебы в реальном училище. Теперь же, в Москве, в сезон 1902/03 года, юнкер Борис Шапошников получил возможность наслаждаться в опере великолепным искусством Шаляпина, Собинова, балерины Гельцер…