Основные принципы ниндзюцу, отражены в старинных трактатах-наставлениях (дэнсё). Всего их сохранилось около пятидесяти. Они написаны на старояпонском литературном языке (камбун), либо на диалекте провинции Ига XVII в., и лишь недавно наиболее известные из них были переведены на современный японский. Трактаты по ниндзюцу являются единственным источником надёжной информации об этом искусстве, однако, информация в них представленная – лишь вершина айсберга. Большинство из них содержат краткое, каталожное описание методов и инструментов ниндзя, без дополнительных пояснений. Хотя есть и объёмные тексты, содержащие относительно полную информацию: «Бансэнсюкай» («Десять тысяч рек, впадающих в море»), «Сёнинки» («Записи об истинном ниндзюцу»), «Синоби-хидэн» («Тайная передача [знаний] ниндзя»), собрание стихотворений «Ёсимори хяку сю» («Сто стихотворений Ёсимори»), «Гумпо дзиёсю» («Собрание [способов] использования самураями военного искусства»). Но даже эти трактаты невозможно до конца понять, потому что существовала традиция устных наставлений – кудэн (яп. «предание», или букв. «устная передача»). Знание в любой традиционной школе (корю) передавалось изустно от учителя к ученику. И это касалось не только боевых искусств, в т.н. «изящных искусствах» и в разных видах ремесла тоже существовали и свои дэнсё, и свои кудэн. Традиция кудэн появилась в целях сохранения информации в тайне, но были ещё и другие причины. Дело в том, что отобразить на бумаге все возможные нюансы того или иного искусства – задача практически невыполнимая. Основные принципы доверяли бумаге, но раскрытие этих принципов, объяснение их, проходило в форме личной беседы между учителем и учеником. Поэтому даже обладая полной коллекцией этих рукописей, без приобщения к традиции, стать мастером ниндзюцу вряд ли возможно. Фудзита Сэйко, называвший себя 14 патриархом школы Кока-рю, писал по этому поводу:

«Если посмотреть, скажем, художественные фильмы про ниндзюцу, мы узнаем, что человек становится способен использовать это искусство, как только ему передадут свиток с сокровенными секретами. И, действительно, во всех ответвлениях ниндзюцу существуют так называемые инка – „печати передачи“, подтверждающие прохождение посвящения, и дэнсё – „тексты передачи“, но в них перечисляются лишь названия, присвоенные различным методам этого искусства, а реальное обучение осуществляется посредством кудэн – устных наставлений. Кроме того, эти кудэн передаются в определённой ситуации и в определённое время. Поэтому никто не может использовать это искусство, едва ему передадут свиток, или как только он его прочтёт». (Перевод А. М. Горбылёва)8

Вот список некоторых наиболее известных на сегодняшний день документов, тем или иным образом относящихся к ниндзюцу. В него включены, в хронологическом порядке, как трактаты ниндзя, так и руководства по тактике и военной стратегии, в которых затрагивается тема использования шпионов. Среди этих документов есть полные тексты, такие как «Бансэнсюкай», а есть и фрагменты, представленные одним-двумя листами. Большинство этих документов находятся в частных коллекциях, и они до сего дня не переведены ни на один из европейских языков.

Документы, дата которых неизвестна:

Ига-рю синоби-но дзюцу какусиби-но маки («Свиток тайного огня синоби-но дзюцу школы Ига-рю») – дата неизвестна

Кока-рю дэнсё («Наставление школы Кока-рю») – дата неизвестна

Ёсимори хяку сю («Сто стихотворений Ёсимори») – предположительно XIIIв.

Кусуноки Масасигэ иккан-но сё («Книга Кусуноки Масасигэ в одном томе») – предположительно XVII в.