Начиная с эпохи Эдо (1603 – 1867), ниндзя становятся популярными отрицательными персонажами театра Кабуки, «бульварной» литературы-ёмихон и городского фольклора. Причина подобной популярности ниндзя среди простого народа до конца не ясна, этих причин может быть несколько. Главная причина состоит в том, в годы феодальных усобиц, удельными князьями-даймё ниндзя использовались очень часто. Для того, чтобы подобраться к вражескому князю, ниндзя подбирались к его приближенным, втирались в доверие к домашним слугам князя, к учёным монахам, которым князь оказывал покровительство, к его личным врачам – т.е. к тем, кто имел доступ в княжеский дворец или находился на службе у даймё. Очень часто такие люди оказывались обманутыми подосланным ниндзя или втянутыми в опасную авантюру. Очень часто, обманутыми ниндзя оказывались безобидные и ничего не подозревавшие крестьяне. Возможно по этой причине, деревенские общины представляли собой закрытые сообщества, и крестьяне с подозрением и недоверием относились к чужакам из соседних княжеств.
Ещё одна возможная причина популярности ниндзя, как отрицательных персонажей, – разветвлённая сеть тайной полиции сёгуната Токугава, основу которой составляли ниндзя из Ига, Кока и Нэгоро. Япония эпохи Эдо представляла собой закрытое, от внешнего мира, полицейское государство, в котором каждый человек, независимо от социального положения, мог оказаться объектом слежки. Думается, по этим причинам в японском фольклоре сложился негативный образ ниндзя.
Этот образ, созданный театром и бульварным чтивом, всегда пугал обывателей своей таинственностью. Так как, простой народ, и даже многие самураи, об искусстве ниндзя имели лишь смутное понятие, то и ниндзя японский обыватель эпохи Эдо представлял себе как колдунов и разбойников, владеющих чёрной магией и могущих превращаться в огромных жаб и крыс, исчезать на глазах у преследователей, и появляться из ниоткуда.
Ниндзя в маскировочной одежде синоби сёдзоку. Рисунок по фотографии Фудзиты Сэйко
В начале ХХ века подобные представления из городского фольклора и драматургии Кабуки перекочевали на страницы романов, комиксов и на киноэкраны. Один из первых (а возможно и первый) фильмов о ниндзя, вышел в 1916 г. Это был, краткометражный (около 10 мин) немой фильм «Храбрый Дзирайя», представлявший собой экранизацию популярного эпизода из одноименной пьесы Кабуки, с превращением главного героя в огромную жабу.
В 1960-х гг. ниндзя перекочевали в западную масс-культуру. В 1964 г. выходит в свет фильм «Ты живёшь только дважды» («You Only Live Twice») по роману Яна Флеминга о Джеймсе Бонде. Сюжет романа и фильма разворачивается в Японии, где британскому суперагенту, в его борьбе с очередным суперзлодеем, помогают ниндзя.
Благодаря современной массовой культуре сложился новый популярный образ ниндзя. Если в эпозху Эдо ниндзя представляли колдунами, учениками тэнгу и ямабуси, то в ХХ веке ниндзя стали представлять как фехтовальщиков и мастеров боевых ичскусств, владеющих некой сверхэфективной техникой рукопашного боя, во много раз превосходящей технику каратэ, айкидо, дзюдо и дзю-дзюцу. Этот ложный образ ниндзя поддерживают и распространяют многочисленные бизнесмены от будо, наподобие Фрэнка Дюкса или Асиды Кима, открывшие собственные школы ниндзя. По-сути они и предложили современную трактовку ниндзюцу как некоей экзотической системы боя с оружием и без. Как писал Анатолий Тарас: «Деятельность такого рода наставников основывается не на традиции, а на собственных фантазиях и всякого рода экзотике. Рецепт достаточно прост: немного сказок по мотивам восточной истории, немного ритуалов какого-нибудь племени мумбо-юмбо; побольше джиу-джитсу и тренировок в духе спецназа. Вот вам и ниндзюцу»!