Несмотря на тревожное начало, правление Иэцуна оказалось на редкость мирным и спокойным. В отличие от своего скорого на расправу отца он не наказал ни одного из многочисленных родственников, да и общее число конфискаций и переназначений при четвёртом сёгуне резко сократилось. Отчасти это объяснялось личными качествами опекунов Иэцуна, отчасти – изменившейся политической ситуацией. Три поколения руководителей бакуфу, сменившиеся со времён Иэясу, освоились с ролью хозяев страны и приучили к этой мысли воинскую элиту. За прошедшие десятилетия стабилизировался механизм взаимоотношений между центром и периферией; усилия, которые прежде тратились на военное противостояние, стали направляться на обустройство мирной жизни.

На шестом году правления, когда сёгуну исполнилось пятнадцать лет, в Эдо произошёл пожар, ставший самым мощным и опустошительным за весь период Токугава. Он вошёл в число трёх крупнейших бедствий в японской истории и известен как «великий пожар годов Мэйрэки» (мэйрэки тайка). С ноября 1656 года по январь 1657 года в Эдо стояла небывалая засуха – на город не выпало ни капли дождя. Деревянные бараки в густонаселённых кварталах высохли, реки и каналы обмелели. Восемнадцатого и девятнадцатого января 1657 года в течение двадцати семи часов в городе один за другим вспыхнули три пожара, подхваченные шквальным северо-западным ветром. По свидетельствам очевидцев, из-за поднятого ветром песка и пыли видимость в тот день не превышала пяти метров. Первый, самый мощный пожар возник 18 января в час дня в буддийском храме Хоммё в северной части города. Его удалось погасить только через тринадцать часов, уже глубокой ночью. На следующий день в одиннадцать часов утра загорелся квартал Коисикава неподалёку от первого пожара; огонь ликвидировали к шести часам вечера, но уже в четыре часа того же дня зазвонили пожарные колокола в квартале Кодзимати. На третий пожар сил уже не осталось, и он бушевал больше суток, до восьми часов вечера 20 января. За пятьдесят три часа огонь уничтожил две трети всех домов в городе. Раздуваемый ветром, он перекинулся через заполненный водой внешний ров и крепостную стену замка Эдо и охватил внутренние постройки. Сгорели Главная усадьба, Вторая усадьба, Центральная пагода и большинство хозяйственных построек. Сёгун и его окружение бежали от огня и укрылись в Западной усадьбе, единственной уцелевшей части замка. Всего в городе сгорело более ста шестидесяти усадеб даймё, семьсот семьдесят усадеб хатамото, триста пятьдесят храмов и более сорока восьми тысяч домов. Пожар 1657 года уничтожил исторический облик старого города, его изображений на рисунках почти не осталось. После застройки городской пейзаж сильно изменился.

Общее число жертв пожара подсчитать сразу не удалось; современные историки называют цифру сто восемь тысяч – больше, чем число погибших от бомбёжек во время Второй мировой войны на Японских островах (не считая оккупированных Японией территорий). По описаниям современников, кварталы, рвы, каналы и реки города были забиты тысячами обгоревших тел. Всех погибших похоронили в одной огромной яме, выкопанной на территории современного района Курода, после чего в храме Дзодзё была организована общегородская поминальная служба.

Крупнейший за всю историю пожар заставил принять меры по защите от огня. В Эдо появились четыре пожарные станции и отряды борьбы с огнём во главе с начальниками в ранге хатамото. Им был выделен бюджет для найма сторожей-обходчиков из числа горожан; число борцов с огнём достигло трёхсот пятидесяти человек.