В конце 1941 г. в части лаврских зданий разместился приемно-распределительный госпиталь № 1. Сюда в обязательном порядке поступали все больные и раненые военнослужащие, прежде чем попасть в какое-либо другое лечебное учреждение. В приемно-распределительном госпитале врачи оказывали первую медицинскую помощь, осуществляли диагностику и сортировку раненых и больных и направляли их затем в соответствующие лечебные учреждения. В функции врачей и медсестер также входило выявление «самострелов» и симулянтов, имелся в госпитале и штат политработников, которые изучали письма бойцов родным.[91] Присутствие на территории Лавры большого количества военнослужащих стало одной из причин устройства в храмах монастыря мест патриотического воспитания защитников города.
Обращение в ходе войны к русским патриотическим, в том числе православным церковным традициям играло чрезвычайно важную роль в обороне Ленинграда. Достаточно упомянуть тот факт, что с городом на Неве была тесно связана жизнь, деятельность или история захоронений знаменитых русских полководцев – А. Суворова, М. Кутузова, Ф. Ушакова, святого князя Александра Невского, в честь которых учредили ордена в советских вооруженных силах (так орден Александра Невского был учрежден 29 июля 1942 г. по личному указанию Сталина). В Благовещенской церкви Лавры находилась могила генералиссимуса А.В. Суворова, и в 1942 г. было произведено ее художественное оформление. По эскизам художников Н.М. Суетина и А.В. Васильева в ноябре были выполнены два живописных панно, знамена и транспаранты. Сюда, к могиле непобедимого полководца приходили воины, отправлявшиеся на защиту родного города.
Также осенью 1942 г. художницами А.А. Лепорской и А.А. Ранчевской было произведено декоративное оформление притвора в Троицком соборе, где до 1922 г. находилась рака с мощами св. кн. Александра Невского. В воспоминаниях одного из блокадников говорилось: «Весной 43-го по городу расклеили афиши, извещающие о том, что открыт доступ к местам захоронения великих русских полководцев – Александра Невского, Суворова, Кутузова, Петра I. Я, конечно, сразу помчался в Александро-Невскую Лавру. Вхожу в Троицкий собор и гляжу: на карнизе, рядом со статуями, растут молоденькие березки! В соборе я, прежде всего, устремился к месту, где стояли мощи Александра Невского. Там был поставлен грубо побеленный фанерный ящик с надписью, утверждающей, что на этом месте были поставлены Петром I мощи Александра Невского. Зашел я в Благовещенскую церковь, на могилу А.В. Суворова: на ней, кроме плиты с автоэпитафией, поставлено склоненное красное знамя; такое же было на месте мощей Александра Невского». Имя князя стало особенно популярно после выхода на экраны художественного фильма «Александр Невский» и воспринималось в качестве символа борьбы с германской агрессией на русские земли. Поэтому в 1944 г. в Троицком соборе была устроена выставка, посвященная св. кн. Александру Невскому, которую посетило большое количество военнослужащих Ленинградского фронта и жителей города.[92]
На германских картах комплекс монастырских зданий был обозначен в качестве военного объекта и подвергался усиленным артиллерийским обстрелам и бомбардировкам. Сильно пострадал от обстрелов Митрополичий корпус и здания Лавры, выходившие фасадами на Неву.