В начале 1942 г. было разрешено в пропагандистских целях возобновить издательскую деятельность Русской Церкви. 10 марта Л.П. Берия написал Сталину о том, что немцы пытаются использовать Церковь на оккупированной территории в своих целях, и НКВД считает целесообразным силами Московской Патриархии подготовить книгу-альбом, разоблачающую действия фашистов. Вскоре Политбюро приняло секретное решение о подготовке и публикации этого издания. Предисловие к книге «Правда о религии в России» (а не в СССР!) написал Патриарший Местоблюститель, заметное место в ней занимали обращения и статьи митр. Алексия, имелись и фотографии богослужений в кафедральном Никольском соборе. Подготовлена книга была в чрезвычайно короткие сроки и уже летом вышла из печати. Интересно, что ее напечатали в типографии практически переставшего существовать «Союза воинствующих безбожников», и часть тиража по оплошности имела гриф антирелигиозного издательства. Книга эта была издана тиражом 50 тыс. экземпляров, одновременно на нескольких языках и распространялась в США, Великобритании, Швеции, на Ближнем Востоке и за линией фронта.[89] В 1943 г. была подготовлена и напечатана еще одна пропагандистская книга «Русская Православная Церковь и Великая Отечественная война», посвященная патриотической деятельности Московской Патриархии. В издание вошли и послания Владыки Алексия и его телеграмма Сталину.

В Ленинграде изменения в отношении городских властей к Церкви стали происходить уже в начальный период войны. Помимо церковных взносов в фонд обороны одной из сфер сотрудничества стала маскировка храмов, которые могли стать ориентирами и целями при воздушных налетах на город. Первая пробная маскировка была проведена 6 августа 1941 г. в Никольском соборе: сделали покрытие золоченого креста одного из куполов с помощью ткани и покраску нижней части купола. Работы по маскировке собора были сложными и продолжались в 1942 г., в том числе и в зимнее время. Наконец, 25 сентября 1942 г. был подписан акт о выполнении в полном объеме маскировочных спецработ, причем приходской совет оплатил их стоимость, составившую только в августе-сентябре 20600 руб. Подобные работы проводились и в отношении других храмов города, не только действующих, но и закрытых.

В подвальных помещениях ряда храмов (например, в Спасо-Преображенском соборе) были устроены бомбоубежища. Под Казанским собором в период блокады находился детский сад и одно время – отдел штаба Ленинградского фронта. Многие храмы использовались для хранения культурных ценностей. Так, Сампсониевский собор был занят филиалом Эрмитажа, Крестовоздвиженскую церковь занимало фильмохранилище, Афонское подворье и Новодевичий монастырь – архивы, Владимирскую церковь – филиал Публичной библиотеки и т. д. Особенно много музейных коллекций было размещено в Исаакиевском соборе в надежде на то, что германские войска, считая его гигантское здание ориентиром, не будут специально пытаться уничтожить храм. Этот расчет оказался правильным, за весь период блокады в собор не было прямого попадания бомб или снарядов, и бесценные коллекции уцелели.

Целый ряд церковных зданий выполнял функции, связанные с патриотическим воспитанием жителей города и бойцов Ленинградского фронта. Особенно большую роль при этом играла Александро-Невская Лавра. С началом Великой Отечественной войны комплекс зданий Лавры сразу стал использоваться для военных целей. Первоначально в конце лета – осенью 1941 г. на территории монастыря был устроен укрепленный район с 9 опорными боевыми точками.