Накануне прихода Пугачева в Саратов восстанием был охвачен весь край: действовало 30 повстанческих отрядов. Так, в июле на границе Саратовского и Пензенского краев сражался четырехтысячный отряд «полковника» Ивана Иванова. Отряд «полковника» Ивана Каменского в 880 человек обосновался в селе Аркадак, а в августе вел бои в районе села Баланда. В такой обстановке 24 июля состоялся военный совет. Положение местных властей было сложным: в мае город снова выгорел дотла, его земляные укрепления давно разрушились, в семитысячном Саратове мало на кого можно было положиться. К тому же возникли разногласия между комендантом и полковником И. К. Бошняком и главным судьей Опекунской конторы иностранных поселенцев бригадиром М. М. Лодыженским.

Тем временем Пугачев после взятия Пензы направился к Петровску. Воевода Зиминский и его секретарь бежали из города, бросив его на произвол судьбы. Вечером 4 августа к Петровску с сотней казаков подошел Г. Р. Державин, но город уже был занят пугачевцами. Его отряд перешел на сторону самозванца, а он сам чудом спасся бегством. 5 августа Державин вернулся в Саратов, откуда писал астраханскому губернатору: «Теперь ждем в Саратове и надеемся более на Бога, нежели на другое что…» В городе началась паника: дворяне и купцы зарывали свое имущество в землю и бежали вниз по Волге. Лодыженский, погрузив на судно казну и служебные бумаги конторы, отплыл в Астрахань. Оборонять город остался комендант Бошняк. Вечером того же дня Пугачев подошел к Саратову и заночевал в трех верстах от города.

Утром 6 августа трехтысячная армия Пугачева (с 13 орудиями) подошла к Саратову по Московской дороге. Бошняк приказал саратовскому гарнизону (780 человек при 15 орудиях) занять позиции по городскому валу по обеим сторонам Московских ворот. Казаки и плохо вооруженные обыватели встали «от правого фланга до буерака» (Глебучева оврага). Впереди находился отряд из 300 казаков под командованием майора Семанжа. Но казаки, посланные навстречу пугачевцам, вступили с ним в переговоры. В то же время посадские люди послали купца Федора Кобякова для переговоров в лагерь Пугачева. Видя это, Бошняк приказал артиллеристам стрелять картечью. Тем временем вернулся Кобяков и привез указ Пугачева. Купцы окружили посланца, но комендант разорвал бумагу и стал топтать ее ногами. «В том злодейском письме написано было, что все купечество, бобыли и пахотные будут защищены и пожалованы, и вольность дана будет; а штаб-обер-офицеров и дворян всех хотел вешать», – гласят документы.

Слух о «царевом указе» быстро распространился среди жителей города. И когда пугачевская батарея на Соколовой горе открыла огонь, саратовские артиллеристы заявили, что запасы подмочены и «стрелять не можно». Городское ополчение стало разбегаться: часть его перешла к повстанцам, часть вернулась домой. В это время пугачевцы пошли в атаку. Прапорщик Г. Соснин с 12 канонирами открыл Симбирские ворота и перешел на сторону «самозванца». Казаки вышли через ворота в тыл правительственных войск. Пешие солдаты-фузилеры во главе с капитаном Баратаевым и несколькими офицерами, захватив фитили и клинья из-под пушек, последовали их примеру. То же проделал и командир батальона майор Салманов с 292 солдатами. Лишь Бошняк с 26 офицерами и 40 солдатами сумел пробиться на Царицынскую дорогу, затем сесть в лодки. В 7 часов вечера Саратов был уже в руках Пугачева.

Пугачев, не входя в город, приказал разбить лагерь в Улешской слободе. 7 августа саратовцы торжественно присягали «Петру Федоровичу». В городе было установлено казацкое управление, Пугачев произвел в полковники и назначил атаманом купца Якова Уфимцева. Три дня пугачевцы вершили суд и расправу: было казнено свыше ста дворян, офицеров, чиновников, разгромлена тюрьма и выпущены все колодники, «письменные документы разгромлены и разорены». В городе грабили дома тех, кто были «несогласные». 9 августа Пугачев вступил в поход по правому берегу Волги, направляясь к Царицыну. А 11 августа в Саратов вошли правительственные отряды Муфеля и Меллина, воинская команда Михельсона. Началась жестокая расправа с бунтовщиками.