В 1904 году Гондурас и Никарагуа решили передать вопрос об определении границ между ними в районе бывшей Москитии на третейский суд испанского короля Альфонса XIII. В 1906 году было вынесено решение в пользу Гондураса, но Селайя не спешил выводить войска со спорной территории.

1903 год был переломным в американо-никарагуанских отношениях. В этот год американцы (семь местных заговорщиков и четыре американских офицера) устроили переворот в Панаме (чья независимость была провозглашена 4 ноября 1903 года; американский военный корабль не дал колумбийским войскам разгромить немногочисленных сепаратистов), отделили ее от Колумбии и решили строить канал через территорию именно этой марионеточной страны.

Никарагуа, в свою очередь, решила переориентироваться на Европу. В 1905 году Селайя добился заключения договора с Англией, по которому та признавала никарагуанский суверенитет над Москитией. Порт Сан-Хуан-дель-Норте прекращал быть свободным (то есть открытым для судов всех стран без специального разрешения правительства Никарагуа).

В 1906 году американцы бросили вызов Никарагуа в Центральной Америке. Возник конфликт между Гватемалой и Сальвадором (гватемальский президент Мануэль Эстрада Кабрера был консерватором и ярым противником Селайи в борьбе за региональное лидерство). Гондурас и Никарагуа поддержали сальвадорцев. Однако США заставили обе страны обратиться в Вашингтон за посредничеством, что было нарушением соглашения Коринто об арбитраже от 1902 года. Селайя отказался признать достигнутое при поддержке США соглашение, подписанное на борту американского крейсера «Марблхед»[134].

Селайя оказывал поддержку эмигрантам-гондурасцам, которые хотели свергнуть президента своей страны Бонилью, ставшего фактическим диктатором. В декабре 1906 года гондурасские либералы начали военные действия недалеко от никарагуанской границы.

Сначала 30-тысячная гондурасская армия разбила повстанцев, и Бонилья потребовал у Селайи разрешения преследовать их на никарагуанской территории. Тот отказался (при этом отдав приказ не допускать вторжения вооруженных групп гондурасских эмигрантов с территории Никарагуа), и Бонилья велел своим войскам перейти границу и начал вооружать никарагуанских эмигрантов-консерваторов.

8 февраля 1907 года гондурасцы напали на никарагуанские войска на территории самой Никарагуа. Никарагуанские солдаты думали, что произошла ошибка, и пытались дать понять гондурасцам, что те находятся на чужой территории. Однако гондурасская армия разбила слабый никарагуанский пограничный заслон, захватила городок Лос-Кальпулес и подожгла его, расстреляв двух никарагуанских солдат, захваченных в плен.

Никарагуанцы потребовали компенсировать ущерб и задействовать для мирного разрешения спора подписанный в 1902 году в Коринто договор.

Госсекретарь США Рут попытался навязать Никарагуа американский арбитраж, но Селайя отказался соглашаться на него до тех пор, пока Гондурас не компенсирует причиненный войной ущерб. Американцы старались подключить к посредничеству Мексику (зная симпатии Селайи к этой стране), но мексиканский президент Диас ответил, что переговоры должны происходить только на базе соглашений Коринто. Однако такой вариант означал бы дипломатический успех Селайи и поэтому был для американцев неприемлемым.

Мексиканцы попросили посредничать Гватемалу, Коста-Рику и Сальвадор, но миссия этих стран успеха не имела, во многом потому, что каждая из них имела свои интересы в гондурасско-никарагуанском конфликте.

После краха планов об арбитраже гондурасские войска опять атаковали никарагуанские пограничные селения, но были отбиты. При этом гондурасцами командовал никарагуанский эмигрант, лидер консерваторов Эмилиано Чаморро.