28 июня 1840 года состоялось пострижение инокини Мелании в мантию с именем Мария, а на следующий день основательница и попечительница богоугодного общежития на Бородинском поле была возведена в сан первой игумении Спасо-Бородинского монастыря.

Игумения была добра и ровна со всеми, ничем не выделяя себя среди подруг по несчастью. При этом, как пишет в своих «Воспоминаниях» барон А. И. Дельвиг, «Маргарита Тучкова была женщина светская, и в монастыре не было никакого порядка. Монахини уходили куда и когда хотели, а в ее собственной келье допускались музыка, светские песни и танцы. С другой стороны, Тучкова имела значение при Высочайшем дворе и умела собирать большие подаяния для монастыря».

Не было никакого порядка? Когда митрополит Филарет уже после смерти Маргариты Михайловны «стал расспрашивать о стиле управления монастырем, монахиня София сказала ему, что Тучковой не хватало необходимой для настоятельницы строгости. Митрополит заключил из ее слов, что это замечание “не оскорбительно и не несправедливо по отношению к Марии”. Сестры относились к ней, как к матери. Когда Маргарита Михайловна сломала руку по дороге в Москву, все рыдали и порывались ехать к ней, а когда накануне Сочельника ее не было в монастыре, ни у кого не было праздничного настроения. Сестры любили собираться вместе в келье настоятельницы, где читали, шили, вязали, “все работали, болтая”, во всем была домашняя, теплая атмосфера. Причем послушницы, самые юные из сестер, садились на ковре у ног матушки».

В 1837 году на Бородинском поле отмечался 25-летний юбилей войны 1812 года. При этом проходили парады, присутствовало множество гостей во главе с императором Николаем I. Для Маргариты Михайловны это празднование оказалось слишком тяжелым, и она слегла. Ей было так плохо, что она не смогла подняться даже тогда, когда государь пришел навестить больную. Прощаясь, он спросил, что можно было бы сделать для нее. Она попросила лишь об одном – отпустить на волю ее брата-декабриста Михаила.

Вряд ли эта просьба понравилась Николаю I, но отказать Тучковой он не смог. Вскоре брат вернулся с каторги и стал рядовым солдатом в Кавказском корпусе. В этом качестве он участвовал в боевых действиях против горцев, вновь получив за храбрость офицерский чин. После этого он вышел в отставку и до конца жизни жил в имении своей жены в Тульской губернии.

Умерла игумения Мария 29 апреля 1852 года. Причиной смерти стал общий упадок сил, отек в ногах и болезнь сердца, сочетавшиеся с кашлем и приступами удушья.

До последних дней своей жизни она жила в доме напротив усыпальницы мужа и сына. Словно предчувствуя кончину, незадолго до смерти, она сожгла остававшиеся у нее письма мужа, не желая, чтобы их потом читали посторонние люди.

Она была похоронена 5 мая в той же церкви Спаса Нерукотворного Образа. Скорбь сестер по умершей настоятельнице была столь сильна, что «отпевание заканчивали без хора, так как монахини не могли петь по причине слез».

А через 22 года после ее смерти один старичок из соседнего села Семеновского вспоминал: «Много лет прожил я на белом свете, а такой болезной души еще не видывал. Когда она скончалась, что в обители, что в окружных селах стон стоял, потому что она нам всем была мать родная».

В 1896 году в церкви Спаса Нерукотворного Образа был погребен и брат Маргариты Михайловны – Александр Нарышкин. Таким образом, Спасская церковь стала усыпальницей Тучковых-Нарышкиных.

Ежегодно 12 мая (по новому стилю), в день кончины Маргариты Михайловны Тучковой у ее могилы служится панихида.

После ее смерти в доме все было оставлено нетронутым. В таком состоянии дом находился до 1930 года, когда монастырь, в котором за десять лет до этого жило до 270 сестер, был закрыт. В нем была размещена сельскохозяйственная коммуна им. Ворошилова, все было разграблено или уничтожено, а в том, что осталось, устроили зернохранилище.