Кроме самого Мануйлова в состав нового Отделения вошел отряд агентов наружного наблюдения, почерковед и фотограф, чиновник Департамента полиции коллежский советник Н.П. Зверев, видный специалист по криптографии и дешифровке В.И. Кривош-Неманич (его услугами также пользовались Военное министерство и МИД)85, переводчики А.А. Вилодаки, профессор Петербургского университета по кафедре китайского языка П.С. Попов (ранее многолетний драгоман российской миссии в Пекине), преподаватель японского языка того же университета Куроно Иосибуми86, а также навербованная Мануйловым «внутренняя агентура» – в основном из обслуживающего персонала зарубежных посольств в Петербурге. Заместителем Мануйлова был назначен 34-летний выпускник Третьего Александровского военного училища, бывший артиллерист, а с 1904 г. жандармский ротмистр М.С. Комиссаров, владевший несколькими иностранными языками.
Отделение по розыску о международном шпионстве не имело установленного штатного расписания и каких-либо письменных инструкций и было не только совершенно секретным, но и временным образованием. С середины марта 1905 г. оно стало именоваться IV (секретным) Отделением дипломатической агентуры Особого отдела Департамента полиции с А.М. Гартингом во главе. С отъездом последнего в Париж в связи с назначением на должность заведующего Заграничной агентурой Департамента с сентября 1905 г. руководство Отделением перешло к Комиссарову. Начальник Отделения жил в Петербурге фактически на нелегальном положении, встречаясь со своей секретной агентурой на конспиративной квартире и выдавая себя за иностранца. Потому служащие зарубежных посольств, работавшие на него, не догадывались, что имеют дело с российским чиновником. К нему на квартиру они доставляли посольские бумаги, включая и дипломатические шифры, которые тут же по ночам Зверев копировал от руки или с помощью фотоаппарата. Пользуясь ими, дешифровщики и переводчики Отделения, которые работали на телеграфе, знакомились с содержанием секретной иностранной дипломатической корреспонденции. За все время своего существования Отделением было добыто 12 дипломатических шифров (включая американский, бельгийский и др.), а его расходы выросли с 23 тыс. рублей в 1904 г. до почти 28,5 тыс. рублей в 1906 г.87 Когда летом 1906 г. за границу проникли слухи о существовании этого спецподразделения Департамента полиции, оно было срочно упразднено, причем была уничтожена и большая часть его секретного архива.
Мануйловское Отделение быстро развернуло работу, и в июле – августе 1904 г. им было установлено наблюдение и контроль за перепиской шведско-норвежского морского атташе Г.Ф. Краака, шведского военного агента барона К.-Г. Лейонхювуда, его итальянского коллеги графа П.П. Руджери, ряда американцев и англичан88. Результаты не заставили себя ждать. Филерское наблюдение за Крааком, например, обнаружило его частые встречи с американцем Х. Бергом, который по заданию российского Морского министерства заведовал постройкой подводной лодки на Балтийском судостроительном заводе. Перлюстрация же донесений в Стокгольм шведского морского агента показала, что ему известны некоторые секретные сведения, источником которых являлся все тот же Берг. В результате правительство отказалось от услуг американца, которому не помогли и его доверительные отношения с великим князем Александром Михайловичем, начальником Главного управления портов и торгового мореплавания