Вместе с тем, многие японские тайные агенты, направленные в Россию под видом дипломатов или студентов еще до войны, остались контрразведке не известными. Среди них были генерал Фукусима, который еще в 1892—1893 гг. проехал через всю Сибирь79, Учида Риохей, в дальнейшем основатель упомянутого Общества Черного Дракона, и будущий японский военный атташе во Франции полковник Мачида, который жил в Петербурге и под предлогом изучения русского языка неоднократно путешествовал по России. Согласно позднейшим сведениям французского Главного штаба, которые передал российский военный агент в Париже полковник М.А. Адабаш, «Мачида чрезвычайно умело и успешно заведывал шпионством в России почти до начала военных действий и его особенно отличили за какую-то выдающуюся заслугу на этом поприще»80. Но обо всем этом в Петербурге узнали лишь в 1908 г. Позднее генерал НКВД И. Никитинский, глухо ссылаясь на данные Департамента полиции, утверждал, что к началу русско-японской войны на территории России действовало до пятисот японских секретных агентов81.
С февраля 1904 г. Отделение Лаврова взяло в активную «разработку» группу британцев – военного атташе подполковника Напира (H.D. Napier), военно-морского атташе капитана Артура Кальторпа (A. Calthorpe) и его переводчика и одновременно преподавателя английского языка в столичном Политехническом институте Джона Маршала82, которые, как выяснилось, занимались сбором секретной информации о русском военно-морском флоте. Наблюдая их связи, 6 мая филеры Отделения неожиданно обнаружили параллельную слежку за одним из их русских информаторов и, поскольку ее явно вели «свои» профессионалы, решили наблюдение на время прекратить. По наведенным справкам выяснилось, что незадолго до этого Департамент полиции без ведома военных контрразведчиков учредил собственную «небольшую организацию для наблюдения за морскими военными агентами в видах оказания помощи адмиралу Рожественскому»83, к тому времени командующему 2-й Тихоокеанской эскадрой, которая готовилась к отправке на Дальний Восток. Эта-то команда филеров и вела наблюдение за графиней Комаровской, на которую в Департаменте были получены «весьма серьезные сведения». Спустя две недели при похожих обстоятельствах лавровское Отделение к явному неудовольствию его начальника было отстранено от «разработки» Джона Маршала. Таким образом, едва начавшись, контрразведывательные операции чуть было не привели к межведомственному конфликту.
Через месяц, 8 июня 1904 г., Лавров встретился с представителем Департамента полиции. Между ними было достигнуто джентльменское соглашение о разграничении сфер деятельности – впредь Отделение Лаврова должно было заниматься наблюдением за военными агентами иностранных государств, а Департамент полиции – за военно-морскими. Созданная таким образом искусственная ситуация не могла продолжаться долго, и это, вероятно, вполне понимали в обоих заинтересованных ведомствах.
Вскоре Департамент полиции пошел еще дальше. В начале июля 1904 г. распоряжением директора А.А. Лопухина в составе Особого отдела было создано специальное Отделение по розыску о международном шпионстве. Инициатором создания Отделения и его первым руководителем стал чиновник особых поручений при министре внутренних дел титулярный советник И.Ф. Манасевич-Мануйлов, который недавно вернулся из многомесячной командировки в Париж. При содействии французских спецслужб – секретной полиции и «Разведочного бюро» МВД – он наладил получение документов из японской миссии в Париже, включая копии переписки японских дипломатов. «Проживая в Париже, – писал Мануйлов, – я имел возможность получать сведения о шпионских происках в России, и когда вернулся в Петербург, доложил директору Департамента полиции о необходимости организации для борьбы с международным шпионажем, направленным против нашего правительства. Мой проект был одобрен министром внутренних дел, и мне было поручено организовать особое отделение при Департамента»