Печатный орган Партии народной свободы газета «Речь» писала, что «первые слова свободного собрания представителей народа… раздались спокойно, смело, уверенно». Им в ответ раздался гром аплодисментов; в этот момент «вся Дума испытала ощущение единства».

Вопрос об амнистии обсуждался и на последующих заседаниях. Здесь обнаружилось, что позицию, высказанную И.И. Петрункевичем, разделяют не все депутаты. Так, М.М. Ковалевский, выйдя на трибуну, предложил «довести до сведения Государя Императора о единогласном ходатайстве Думы о даровании им амнистии политическим заключенным». Петрункевич ответил: «Мы не желаем быть ходатаями, мы хотим быть законодателями». М.М. Винавер, занимавший в то время пост товарища председателя Комитета фракции, впоследствии писал об этом эпизоде, что «Партия народной свободы гордым окриком из уст Петрункевича отвергла мысль Ковалевского», тогда тоже, кстати говоря, кадета.

Известно, чем завершила свое существование I Дума. Замок, повешенный ночью на двери Таврического дворца, символизировал желание правительства продемонстрировать, кто в стране обладает реальной властью. Это привело к «продолжению заседания» Государственной думы на территории Финляндии, в Выборге, где действовали более либеральные законы. Именно там было подготовлено так называемое Выборгское воззвание, в котором экспарламентарии обращались к народу с призывом протестовать против роспуска Думы, оказывая пассивное сопротивление правительству.

Стенограммы выступлений, звучавших на этом собрании, в настоящее время находятся в распоряжении исследователей. Изучив их, можно судить о том, насколько участники совещания представляли себе всю тяжесть возможных последствий. Петрункевич, в отличие от некоторых своих коллег, сразу предрек подписавшим воззвание политическую смерть. Однако сделать это он полагал необходимым, более того, принял непосредственное участие в редактировании текста воззвания.

В итоге, как известно, состоялся суд, на котором участники собрания в Выборге были лишены политических прав. Отсидев два месяца в тюрьме, Петрункевич, которому уже перевалило за шестьдесят, стал постепенно отходить от партийных дел. Здоровье его к тому времени было уже далеко не идеальным, все больше времени он проводил в Крыму и все меньше принимал активное участие в текущей политической жизни. Его позиция в партии в это время действительно напоминала позицию патриарха: с 1909 по 1915 год он являлся председателем ЦК партии. Не вмешиваясь непосредственно в текущие дела, Петрункевич, избранный в 1915 году Почетным председателем ЦК кадетской партии, оставался для сподвижников неким нравственным ориентиром.

Революция застала И.И. Петрункевича в Ялте. В 1918 году он был вынужден эмигрировать и транзитом через Францию оказался в Америке, у своего сына Александра, известного палеонтолога. Затем он жил в Швейцарии, а под конец жизни обосновался в Праге. Работал над мемуарами, переписывался со старыми соратниками.

К сожалению, оказавшись в эмиграции, многие действующие лица российской политики рубежа веков начали, как это бывает, терять чувство реальности. В переписке с М.М. Винавером 77-летний И.И. Петрункевич, обсуждая вопрос, как добраться до России, писал: «Мы готовы ехать хоть в трюме… Вас, вероятно, мы уже не увидим до возвращения в Россию…»

Вновь увидеть родину Петрункевичу было не суждено. В 1928 году он скончался в Праге, где и был похоронен. Надпись на его могиле гласит: «Свободы сеятель пустынный, я вышел рано, до звезды».