Для учреждения кредитного товарищества нужно было собрать не менее тридцати подписей его будущих участников. Однако крестьяне крайне неохотно ставили свои подписи под непонятным документом – недостающие автографы Петрункевичу пришлось собирать среди членов семьи. Эта проблема неготовности крестьян к ведению дел, требующих аккуратности и точности, вообще очень волновала Петрункевича. Тем не менее он рассчитывал, что сумеет уделять товариществу достаточно времени в качестве исполняющего контролирующие функции попечителя.

По прошествии года устав товарищества был утвержден министерством, и оно начало работать, преодолевая недоверие крестьян. По словам Петрункевича, изменила отношение последних к кредитному товариществу покупка им несгораемого шкафа для хранения денег. После этого дело начало налаживаться. Благодаря тому что И.И. Петрункевич настоял на утверждении 9 % годовых по займам вместо обычных 12 %, удалось предложить условия лучшие, нежели у конкурентов – зажиточных крестьян и мелких лавочников. Убедиться в успехе начинания Петрункевича приехал из Москвы М.Я. Герценштейн, в ту пору директор Московского земельного банка.

Петрункевич и члены его семьи также взяли на свое попечение несколько тверских школ. В своих мемуарах Иван Ильич вспоминал, как они «снабжали школы книгами и учебными пособиями, а также устраивали на рождественских святках ели для учащихся, причем ни разу не встретили ничего, что было бы похоже на вмешательство школьной инспекции или полиции».

В первые годы XX века в России в очередной раз приобрел чрезвычайную остроту земельный вопрос. В 1905 году И.И. Петрункевич опубликовал на эту тему специальную брошюру, в которой подчеркивалось, что «аграрный вопрос застал нас столь же неожиданно, как и японская война» и что, в то время как «Россия справедливо признается страной земледельческой по преимуществу, земледелие менее всего привлекало внимание правительства».

Начиная формулировать собственный проект аграрной реформы, Петрункевич пишет, что государство крестьянам должно. Долг этот юридически не зафиксирован, но он есть, и при разработке новой системы землеустройства необходимо это учитывать. Мотивировал он это так: «Нужды государства (по развитию главным образом обрабатывающей промышленности) непрерывно возрастали и покрывались в основном крестьянским населением». Вывод же из этого патриарх русского либерализма делает такой: «Отчуждение частновладельческих земель должно производиться в пользу и за счет государства на началах отчуждения недвижимого имущества в видах государственной необходимости, подобно тому как производится отчуждение под железные дороги, улицы, устройство крепостей и так далее». Государство же будет «отдавать отчуждаемую землю тем, которые больше всего в ней нуждаются, совершенно независимо от того, существовали ли когда-нибудь между бывшими и будущими ее владельцами обязательственные отношения».

Подобная постановка проблемы удивляет, поскольку Петрункевич к тому времени уже заработал себе устойчивую репутацию политика, действующего «во имя права и посредством права». Впрочем, он сам поясняет свою позицию: «Вопрос о праве принудительного отчуждения земельного имущества в принципе не может в настоящее время встречать возражений, так как современное государство отрешилось от идеи священной и неприкосновенной собственности».

Заметим, что аграрный вопрос был главным пунктом разногласий внутри самой конституционно-демократической партии. Партийные лидеры всерьез опасались раскола. На II Всероссийском съезде кадетов (январь 1906 года) развернулась дискуссия о том, насколько идея отчуждения земли соответствует либеральным принципам. И.И. Петрункевич, стремясь не допустить раскола партии в такой важной ситуации, сказал, что в целях сохранения партийного единства он готов отказаться от своих радикальных идей. При этом он отметил: «Никто не покушается на частную собственность, так как собственностью государства станет только та земля, которая отчуждается… Только этим путем мы сможем разрешить величайший кризис».