Ему Брусилову Л. А. подчинялись военно-морские агенты (атташе) за границей, оперативные части (отделения) в штабах, начальники действующих флотов (морсил). А также в его ведение были переданы общие направления деятельности Курсов военно-морских наук в Николаевской Морской Академии. Кроме того, после русско-японской войны решено было создать учебный отряд кораблей, куда вошли корабли: крейсер «Слава», «Гиляк», «Адмирал Макаров», «Цесаревич» и другие, и уже в 1906 году открыты:

офицерский класс подводного плавания, (указом императора от 19 марта 1906 года был учреждён подводный флот России), офицерский водолазный и штурманский классы, офицерская воздухоплавательная школа и офицерский класс морской авиации.

Сам император был знаком с деятельностью МГШ не на словах, а на деле: он постоянно принимал у себя как военно-морских руководителей высшего ранга, так и военных агентов и многих других специалистов, поскольку для принятия необходимых решений ему было необходимо знать, что происходило и в стране и за границей. Такую информацию ему мог предоставить МГШ. Для этого в его структуре были созданы, как говорилось выше, отделения: русской и иностранной статистики, и военно-историческое. А также имелось и делопроизводство по мобилизации. Выполняли они следующие задачи:

1. сбор и обработка информации об общем политическом положении, о силах и средствах иностранных государств, и об их готовности к войне, имеются в виду, потенциальные противники, о морских театрах военных действий, обработка статистических данных о русском флоте;

2. составление проектов программ развития морских вооружённых сил, составление основных заданий к постройке кораблей, для подготовки театра военных действий, для подготовки неприкосновенных запасов, для комплектования флота и мобилизации, формирования эскадр и отрядов и их дислокации;

3. составление основных планов обучения, ремонта, перевооружения, снабжения флота, соответственно, подготовки флота к войне; кроме того: положений, уставов, правил службы и инструкций, касающихся боевой подготовки флота;

4. разработка вопросов общей организации службы на флоте, составления заданий по морским манёврам, наблюдение за их ходом и отчёты о них;

5. проработка военно-исторических материалов, разработка документов для составления международных деклараций, переписка по военно-политическим вопросам, общее заведование «Морским сборником».

В 1912 году МГШ подвергся реорганизации и перед началом 1-й мировой войной он состоял из семи частей: 1-я оперативная (Балтийское и Северное моря),

2-я оперативная (Черное море и южные моря), 3-я оперативная (Тихий океан и восточные моря), 4-я организационно-тактическая из 2-х отделений: 5-е статистическая иностранная 6-е статистическая русская (обе по изучению флотов), 7-е военно-морская историческая и канцелярия. В начале войны ему были добавлены отделения: воздушного и подводного плавания. Служба тыла. Взаимодействия морских и сухопутных сил в Прибалтике и на дальних подступах к столице со стороны Финского залива.

Здесь необходимо подчеркнуть, что перед первой мировой войной протяжённость Российской империи с севера на юг составляла 4.675 км и с востока на запад 10.732,3 км. Общая длина сухопутных и морских границ составляла 69.245 км. Причём на сухопутные приходилось 19.941, 5 км, а на океаны и внешние моря почти 49.360. 4 км, и их надо было защищать, а для этого нужны были корабли, которые и строились на судостроительных заводах.

Учитывая всё это Высочайшим повелением, объявленным приказом по морским ведомствам от 5 января 1908 года, с 1-го января того же года «Новое Адмиралтейство» и «Галерный островок», объединялись в отдельное самостоятельное предприятие под общим названием «Адмиралтейский судостроительный завод», аналогичный «Балтийскому заводу». Подчинялись они непосредственно товарищу (заму) морского министра, который отвечал в министерстве за вопросы судостроения.