Так, он вводит должность морского министра, который получил такие же права, как и другие руководители государственных ведомств.

Здесь следует сделать отступление. Ещё, не будучи императором, уже в 1894 года 19 декабря он совместно с главным начальника флота и морского ведомства генерал-адмиралом обсуждают тему, связанную с сооружением морской крепости в Либаве. Эта тема найдёт свое продолжение и в дальнейшем в дневниковых записях императора. Каждый понедельник, а в дневниковых записях Николая Александровича это чётко прослеживается с первых строк, на протяжении всего его царствования, он принимает у себя доклад генерал-адмирала, как он пишет «дяди Алексея» (дядя Алексей – сын Александра II (1880 – 1905), генерал-адмирал, главный начальник флота и морского ведомства), и адмирала Чихачёва Н. М., до 1896 года управляющего Морским министерством.

Так в дневниковых записях императора за 1905 год мы читаем:

«30 мая. Понедельник. Сегодня после долгого доклада дядя Алексей объявил, что он желает уйти теперь же. Ввиду серьёзности доводов, высказанных им, я согласился. Больно и тяжело за него, бедного»!

На смену ему приходит адмирал Бирилёв А. А. (1844 – 1915) и становится морским министром (1905—1907) и начальником главного штаба.

Его сменяет на этом посту Диков И. М. В дневниковых записях императора, относящихся к началу 1907 года, читаем: «11 января. Четверг. Принял Дикова, назначаемого морским министром». А исполняющим делами начальника ГМШ назначается Яковлев Н. М.

Затем на этом посту находится Воеводский С. А. (1909—1911). А с 1911 по 1917 годы бессменно министерство возглавлял Григорович Иван Константинович. Так император записал, что 29 марта 1913 года он утвердил в должности Военного морского министра Григоровича И. К.

И. К. Григорович в 1906 году был командующим Либавского военного порта имени Императора Александра III, а в феврале 1909 года Императорским указом он назначается товарищем (заместителем) морского министра, и получает звание вице-адмирала. В его ведении находились вопросы материально-технического и гидрографического обеспечения флота, кораблестроения и судоремонта, и ему уже подчинялись Центральные органы подобного профиля. Иван Константинович был боевым офицером, в частности, в 1904 году был командиром Порт-Артурского порта, где под обстрелами японцев смог организовать ремонт кораблей, постановку минных заграждений, траления, снабжения. Поэтому, учитывая всё, это он и был назначен начальником порта Либава. Такая кандидатура устраивала императора и Госдуму.

В январе же 1906 года учреждается должность товарища (заместителя) морского министра, в ведении которого передаётся: главные управления кораблестроения, снабжений, гидрографическое, Морской технический комитет, канцелярия министерства, Управление главного медицинского инспектора, Управление казёнными заводами (Обуховский сталелитейный, Балтийский судостроительный и механический), архив, управление сберегательной вспомогательной кассой работающих и служащих по вольному найму в местных учреждениях морского ведомства. А 24 апреля 1906 года создаётся МГШ, руководитель которого имел право Всеподданнейшего доклада императору при морском министре по своему кругу вопросов. Император 11 января 1907 года наделил морского министра правами главного начальника флота и морского ведомства и управляющего боевыми силами, личным составом и строевой частью, Главного и Морского штабами. 10 октября 1911 года утверждено Временное положение об управлении морским ведомством, которое просуществовало до 1917 года. Что же касается создания МГШ, высшего оперативно-стратегического органа управления Российским флотом, то это было обусловлено воссозданием флота после трагедии 1904 – 1905 годов и планово-перспективного военно-морского строительства. Высочайшим рескриптом от 24 апреля 1906 года на имя морского министра вице-адмирала Бирилёва А. А. Именным Высочайшим указом Правительствующему Сенату 5 июня из состава Главного морского штаба были выведены части стратегическая и организационная по мобилизации флота с преобразованием в самостоятельный Морской Генеральный Штаб. Начальником МГШ был назначен капитан 1-го ранга (с 1907 года контр-адмирал) Брусилов Л. А.