Важно отметить, что при наделении иезуитских коллегий университетскими привилегиями возникал, как правило, «неполный» университет, состоявший лишь из двух факультетов – философского и богословского. При его последующем развитии существовала возможность его перехода в «полный» университет: так, в Ольмюце открытие юридического факультета затянулось на десятилетия, а медицинский вообще появился только в 1753 г. Бамбергский университет получил юридический и медицинский факультеты почти через 90 лет после основания, в 1735 г.[196] А учрежденный позже остальных иезуитский университет Бреслау в XVIII в. так и не стал «полным» и обладал только двумя факультетами.

Отделение группы католических университетов от протестантских в Германии XVI–XVII в. происходило, таким образом, не только по конфессиональному признаку, но и по ряду особенностей их внутренней организации. Одновременно, парадоксальным образом, учебные программы, использовывавшиеся в обеих группах, имели много общего: и там, и там учитывались достижения гуманизма, уделялось внимание языкам и филологическим предметам. Широкое распространение получили учебники, написанные иезуитами, действительно, на высоком уровне и использовавшиеся даже в протестантских гимназиях.[197] Окончательное же оформление разработанная иезуитами учебная система получила в знаменитом документе Ratio atque Institutio Studiorum Societatis Jesu (1599). Гуманистическое влияние на нее сказалось во введении обязательного изучения древних языков – латыни, греческого и еврейского, что в то же время сочеталось с традиционными схоластическими дисциплинами.

Согласно Ratio Studiorum, обучение студентов делилось на два этапа – studia inferiora и studia superiora. Первый этап вполне сопоставим с протестантской гимназией: он включал три грамматических класса (младший, средний и старший), где преподавались древние языки, после которых следовали еще два класса – поэтики и риторики. Обучение состояло в последовательном восхождении по классам, но не обязательно ежегодном – всего на этот этап в плане иезуитов отводилось 5–6 лет учебы. Второй этап включал слушание лекций, подразделявшихся на два цикла – философский (логика, физика с математикой, метафизика с этикой; все эти предметы преподавались по Аристотелю) и богословский (схоластическое и положительное богословие по Фоме Аквинскому, «опровергательное» богословие – предмет, имевший особое значение в соседстве с протестантами, церковное право, церковная история и Священное Писание). На философский цикл отводилось 2–3 года, на богословский – 4 года, и еще 2 года предоставлялось для подготовки к получению ученой степени доктора богословия. Таким образом, в среднем учебный курс иезуитского университета был рассчитан на 12 лет, а предусмотренный планом возраст студентов составлял от 9 до 20 лет. Studia inferiora и философские лекции в studia superiora относились к артистическому (философскому) факультету (хотя для первого этапа иногда, в соответствии с идеей Лойолы, употребляли название «факультет языков»), завершающая же часть обучения принадлежала к богословскому факультету.[198]

Ratio Studiorum явилась первой учебной программой, закреплявшей в университете строгую последовательность в изучении предметов. Принятие в XVII в. практически во всех католических университетах Германии (исключение составлял лишь находящийся под управлением бенедиктинцев университет в Зальцбурге) единой программы, разработанной иезуитами, способствовало здесь большей однородности, чем среди протестантских университетов. Иезуитская система преподавания не только объединяла университеты разных княжеств внутри империи, но и успешно распространялась за ее пределами. Из помощника, как это было первоначально, Орден превратился в главного патрона католических университетов на всем пространстве Центральной, Южной и Восточной Европы. Введенные иезуитами три стадии обучения – филологическая гимназия, философия по Аристотелю и богословие по Фоме Аквинскому, воздействовали не только на университетское преподавание, но и на другие типы школ, которые возникали в это время