Главу 6 (статьи 41–63) Екатерина посвятила «законам вообще». Здесь она усилила ранее высказанные замечания о вольности и попыталась объяснить соотношение между обычаями и государственными законами. Из статей 41 и 42 следовало, что государственные законы не должны запрещать ничего, «кроме того, что может быть вредно или каждому особенно, или всему обществу». Таким образом, личные поступки, не затрагивающие ни других людей, ни государство, не подпадают под действие законов. Екатерина не охарактеризовала эту сферу «безразличных действий» как относящуюся к частной жизни или составляющую «права» индивидов. Тем не менее ее комментарии, которые в данном случае во многом повторяют Монтескьё, дают общее представление о «негативной свободе» [Екатерина II 1907б: 8–9]. По поводу обычаев Екатерина утверждала, что для управления государством необходимы законы, подлежащие исполнению, поэтому при разработке законов законодатель должен принимать во внимание нравы народа. Однако она не считала обычаи непреодолимым препятствием для законодательных изменений: «И так когда надобно сделать перемену в народе великую к великому онаго добру, надлежит законами то исправлять, что учреждено законами, и то переменять обычаями, что обычаями введено. Весьма худая та политика, которая переделывает то законами, что надлежит переменять обычаями» [Екатерина II 1907б: 8–9]. Главное для законодателя – «умы людские… приуготовить» к введению новых законов. Позиция Екатерины, согласно которой реформы требовали тщательной подготовки, содержала в себе косвенную критику Петра I, чьи реформы проводились поспешно, без подготовки к ним людей. Екатерина, напротив, хотела предстать правительницей, действующей в мудром и умеренном духе Монтескьё, – ведь ее «Наказ» предназначался именно для того, чтобы подготовить умы россиян к принятию нового свода законов. Однако трудно сказать, насколько серьезно Екатерина относилась к известному изречению Монтескьё о том, что к законам можно «прикасаться только дрожащими руками». Рука Екатерины не дрогнула.

Сразу после обсуждения необходимости реформ в «Наказе» был поднят вопрос о наказаниях за нарушение законов. По мнению императрицы, при проведении реформ можно было ожидать сопротивления снизу в виде нарушения новых законов. Это сопротивление, которое таковым нигде не названо, она надеялась сдержать законодательно установленными наказаниями. В статьях 61–96 рассматривалась идеальная система наказаний. Основное положение «Наказа» заключалось в том, что наказание не должно произвольно назначаться ни государем, ни судом, а должно «происходить… от самой вещи», то есть из характера данного преступления. Любое наказание, назначенное не по необходимости, по определению является «тиранским» [Екатерина II 1907б: 14].

Согласно «Наказу», существует четыре вида преступлений: преступления против веры; преступления против нравов; преступления против общественного спокойствия; преступления против безопасности личности. Дела по преступлениям против веры (например, богохульство), как считала Екатерина, должны решаться церковью путем отлучения или изгнания преступников из храмов. Здесь она вслед за Монтескьё пыталась разделить церковь и государство. В статье 74, посвященной религиозным преступлениям, императрица прибегает к ухищрениям, не упоминая ни многоконфессиональный характер Российской империи, ни принцип веротерпимости [Екатерина II 1907б: 14]. За преступления против нравов Екатерина назначает наказания преимущественно морального характера: всенародное бесчестие, стыд, изгнание из города и общества. Единственным материальным наказанием здесь были денежные штрафы, но осталось неясным, должны ли эти штрафы налагаться частными обществами или государством. По общему правилу, «преступления» против нравов должны были рассматриваться как незначительные нарушения обычаев, не имеющих юридической силы [Екатерина II 1907б: 16].