Противостояние митрополита и царя вступило в завершающую стадию. Иван размышлял, как лишить Филиппа церковного сана: «Просто бо его изврещи не хотяше: да не возмятетъ народомъ» [Лобакова 2006: 157]. Поэтому царь послал в Соловецкий монастырь людей, чтобы от монастырской братии получить показания против Филиппа. «Лжесвидетели», в числе которых был новый соловецкий игумен Паисий, «вторый Июда-предатель» [Лобакова 2006: 159], предоставили царю законный предлог для ареста Филиппа и суда над ним. Царские приближенные схватили Филиппа, затем облачили низложенного митрополита в «одѣяние иноческое многошвейное и раздранное», что он перенес «с крѣпкимъ терпѣниемъ», вспоминая слова апостола Павла: «Ничтоже мя от любве Божия разлучить!» (Рим. 8:35) [Лобакова 2006: 160]. Печальная развязка этих событий произошла в Твери, в монастыре, где изгнанный Филипп томился в кандалах. Согласно житию, 23 декабря 1569 года в келью Филиппа без предупреждения ворвался «супостат» Малюта Скуратов, человек «каменосердечный» и «неблагодарный», «властолюбивый раб». Скуратов якобы хотел попросить у Филиппа благословения для Ивана, но узник разгадал обман и, не благословив злоумышленника, стал молиться Богу о том, чтобы Он принял его дух. Скуратов убил Филиппа, обвинив в его смерти монахов. Автор жития замечает, что монахи, «…страхомъ одержими, ничтоже отвещати могуще» [Лобакова 2006: 161]. Скуратов приказал похоронить Филиппа за алтарем Троицкой церкви.

Автор краткой редакции включает мученическую кончину Филиппа в контекст опричнины. Царь приказывает обезглавить брата Филиппа, Михаила; царские войска осаждают Новгород, чтобы уничтожить городскую знать; Малюта Скуратов даже делает вид, что царь просит благословения Филиппа на новгородский поход [Лобакова 2006: 160–161]. После убиения Филиппа царь лишил сана, заточил и сослал многих священнослужителей, участвовавших в суде над митрополитом. Так, обвинитель Филиппа игумен Паисий был заточен на острове Валаам [Лобакова 2006: 161–162]. Мероприятия по принуждению пособников царя к молчанию были лишь небольшим эпизодом шквала насилия, накрывшего Русь после 1565 года.

Житие сообщает читателям, что через семь лет после смерти царя новый игумен Соловецкого монастыря Иаков упросил царя Феодора Иоанновича вывезти мощи Филиппа из Твери и отправить на Соловки для перезахоронения. В Твери «народи же стекошася к мощемъ святаго, и яко звезду пресвѣтлу видѣти». Во время обряда перезахоронения «воня благоухания необычнаго… яко мира благовонна и многоцѣнна излияся от мощей святаго», что было знаком святости Филиппа. Непосредственно перед перезахоронением народ «целовавъ мѣсто святаго с подобною честию» [Лобакова 2006: 162–163]. По мысли агиографа, наказание царских пособников и посмертное почитание Филиппа Церковью и православным народом свидетельствовали в пользу того, что на земле, наконец, восторжествовала Божья справедливость.

Можно ли отнести краткую редакцию «Жития митрополита Филиппа» к историческим текстам, призванным рассказать «правду» о митрополите и царе? Ответить на этот вопрос непросто. С одной стороны, житие ссылается на хорошо известные биографические подробности: рождение Филиппа в знатной семье, его решение стать монахом, игуменство в Соловецком монастыре, назначение на пост митрополита, принципиальное противостояние политике Ивана, арест и убийство. Жизненный путь Филиппа вполне справедливо трактуется как часть исторической траектории развития Руси при Иване Грозном, а Филипп рассматривается как одна из жертв царя. Автор «Жития» Филиппа одобрительно подчеркивает его противостояние опричнине, вынося таким образом обоснованное, хоть и пристрастное историческое суждение об эпохе.