Согласно «Степенной книге», опасность, грозившая Руси со стороны западного христианства, не миновала и после Флорентийского собора. В Новгороде прелат Григорий перенял пагубные идеи Исидора. Против этого нового всплеска «латыньства» решительно выступил митрополит Филипп I, назвав его отступничеством [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 223] Автор «Степенной книги» опасался, что религиозные ошибки латинской церкви укоренятся на русской почве, связывая таким образом внешнюю угрозу православию с внутренней российской политикой.

В степени 15-й автор повествует о движении жидовствующих. Он утверждает, что жидовствующие произвели «многое смущение» в Новгороде, где от некоего «жыдовина» (Захарии) и самого дьявола, «глаголющихъ на Бога неправду», произошло уклонение от истинной веры «в многых слабѣйшихъ человѣцѣхъ…», которые «вся июдейскиа законы и звездочетия и поганых язык волхвования навыкоша» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 266–267]. Автор отмечает, что благодаря вмешательству архиепископа Геннадия весть об этом «гнилом мудровании» дошла до царя Ивана III, который созвал в Москве церковный собор для осуждения лжеучения, – но жидовствующие к тому времени уже «многихъ простыхъ людей прельстиша своими скверными ересьми» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 267–268]. В «Степенной книге» восхваляется «особна книга» Иосифа Волоцкого «на утвержение правоверныхъ», которую Волоколамский игумен написал «на… богоборныя еретикы новъградскиа». Автор «Степенной книги» одобряет сожжение еретиков в Новгороде и Москве после 1504 года [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 268].

Несомненно, наиболее животрепещуще в «Степенной книге» звучит тема борьбы православной Руси с «безбожными» татарами. В степенях с 13-й по 17-ю автор в живописных деталях представил два эпизода этой борьбы: несостоявшееся нашествие Тимур-хана на Москву в царствование Василия Дмитриевича и завоевание Иваном IV Казани в 1552 году. Объясняя решение Тимура отступить, не нападая на Москву, автор рассказывает о «непрестанных молитвах» митрополита Киприана «за князя и за християньское воинство», который «заповеда всемъ постъ и молитву с милостынею, и други къ другу незлопамятие, и братолюбие нелицемѣрное, и всѣм единомыслено сокрушенымъ сердцемъ и смиреномудренымъ помыслом… отъ Бога избавлениа просити отъ предлежащихъ скорбеи…» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 98–99]. Упоминается также решение Киприана послать во Владимир за чудотворной иконой Божьей Матери, ее всеобщее почитание народом и помещение ее в Успенском соборе Кремля, то есть в сердце православной Москвы [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 99–103]. В тексте утверждается, что молитва Киприана и принесение иконы изменили военную ситуацию. Спящему Тимуру привиделся «сонъ страшенъ зело», в котором некая женщина, «славою неизреченною и благолѣпиемъ преукрашена и свѣтомъ сияющи паче солнечныхъ лучь», шла на него во главе могучего войска. Когда Тимур проснулся и спросил советников о значении сна, они сказали ему, что славная женщина – это мать Христа Мария. После этого Тимур отчаялся в победе над Москвой: «Аще христиане такову помощницу имѣютъ, – сказал он приближенным, – то всуе подвижемся и безо успѣха мятемся» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 103–104]. Под впечатлением сна Тимур увел войска: Москва была спасена без боя.

Спасшись от нападения Тимура, русские избежали надвигающейся катастрофы. Однако в начале правления Ивана IV русские сами перешли в наступление. Когда Иван был ребенком, его воеводы разгромили татарские войска без больших потерь, что было воспринято как одно из чудес от иконы Святой Варвары [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 347–348]. Позже московские войска отразили совместную атаку литовцев и татар под Коломной. «Степенная книга» объясняет эту победу над «окаянными варварами» «молитвами Пречистыя Богородицы» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 349]. Знаменитому походу 1552 года на Казань предшествовали послания татарам с призывами сдаться [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 359–360]; жуткие предзнаменования в Казани: рождение человека от коровы [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 360]; явления таинственных «черноризцев» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 361]; звон колоколов в городе, «яко же и у христианскихъ церквеи» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 363]. В ходе осады московским войском Казани сопротивляющиеся были разбиты, «многие казаньские люди побиени быша… заплененыхъ же христианъ… множество… восвояси отпущени бышя». Освобождение Иваном города сравнивается с победой Моисея над войском фараона [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 365–366]. Во время осады Казани знамения от Бога всё умножались: за явлением апостолов, святого Николая, преподобного Даниила опять последовал колокольный звон внутри городских стен [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 366–369]. Одновременно с прорывом городских стен в церкви совершалась литургия, на которой читалось Евангелие, оканчивающееся словами «И будетъ едино стадо и единъ пастырь» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 368].