При Василии II (годы княжения: 1425–1462) борьба за единство приняла династическую форму, когда против Василия начали войну князь Юрий Звенигородский и его сын Дмитрий Шемяка. Юрий, по выражению автора, «мир отверже», а «князю же Дмитрию Шемякѣ дьяволъ вложи в мысль хотѣние властоначальствиа» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 139]. Несмотря на то что Василий был ослеплен своими политическими противниками, он одержал над ними победу, – не в последнюю очередь потому, что пользовался поддержкой церкви. Епископ Иона прямо говорил Шемяке: «Неправду дѣеши» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 142].
На протяжении большей части периода после 1380 года основная оппозиция великим князьям исходила из Новгорода. При Василии Дмитриевиче (1371–1425), как утверждалось в тексте, новгородцы вели себя «яко пьяни шатающеся, не восхотѣша быти в покорении своему государю» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 76]. В правление Василия II новгородцы собрали пятитысячное войско для битвы с великим князем, но потерпели страшное поражение: «Прочие же побегошя, гоними гневом Божиимъ, и множество ихъ избиено бысть, а инии поиманы бышя» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 149]. Во время правления Ивана III (1462–1505) новгородцы снова, «научени диаволомъ», совершили, согласно изложению «Степенной книги», измену, отрекшись от великого князя в пользу короля Казимира Польского. Новгородцы также утверждали, что суверенитет их города прочно покоится на историческом наследии самого святого Владимира [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 221–222].
Московский князь отверг притязания новгородцев: «Отчизна моя есть изначала отъ… святого и великаго князя Владимира, крестившаго всю Руськую землю… Мы владѣемъ вами… И казнити васъ вольны… за презорьство ваше к намъ» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 222–223]. Новгородскую патриотку Марфу автор сравнивает с библейской Иезавелью, обвиняя ее в том, что она соблазняет граждан перспективой присоединения к латинской церкви [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 225]. Сами новгородцы в тексте именуются «окаянными изменниками» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 230] и «жестоковыйными отступниками» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 235]. Во многих сражениях войска московского князя истребляли новгородцев «безъ милости за ихъ неисправление» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 229]. В битве у Шелони в 1471 году было убито до 12 тысяч новгородских воинов [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 231].
Авторская интерпретационная стратегия заключалась изображении противников великого князя как неразумных, одержимых дьяволом, плененных иллюзией собственного могущества и закономерно поверженных благодаря союзу церковников и праведных московских князей. Новгородские аргументы в пользу суверенитета «Степенная книга» признает только для того, чтобы тут же отвергнуть, признав приоритет прав великого князя. Автор книги дискредитирует идею новгородской республики, ассоциируя Новгород с латинской Литвой (!) и язвительно изображая Марфу-посадницу новой Иезавелью.
В степени 17-й автор намекает, что новая опасность для Московского государства исходит уже не от княжеской междоусобицы и не от Новгорода, а от нечестивых бояр, в которых «нача быти самолюбие и неправда, и желание на въсхищение чюждаго имения» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 346–347, 351–352]. В тексте подразумевается, что в столкновении между Иваном IV и боярами церковь примет сторону царя.
В последних частях «Степенной книги» автор в нескольких местах упоминает о борьбе церкви с ересью. Двумя наиболее опасными еретическими угрозами он считает «латыньство» и движение иудействующих. Анализируя Ферраро-Флорентийский церковный собор XV века, автор «Степенной книги» изображает сторонника церковной унии митрополита Исидора человеком с «развращенным умом», «зломудреным», который добивается своего «богопротивным коварьством» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 192–193]. В книге Исидора обвиняют в том, что он «съединися с латынею, жестоко огорчися на православие, клятвы тяжкиа преступивъ». Западную церковь автор книги желчно именует «богомерзкой» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 193], а сам Флорентийский церковный собор – «проклятым» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 195]. Провал церковного собора в деле объединения Восточной и Западной церквей рассматривается в книге как свидетельство в пользу того, что «…человеколюбивый Господь Богъ не попусти сему единому волку погубите бесчисленое стадо Его Христовыхь словесныхъ овець истиннаго православиа и дарова слово разума и премудрости» великому князю Василию Васильевичу «еже обличити и посрамити Исидорово безумие» [Покровский, Ленхофф 2007, 2: 196].