К тому времени она уже присвоила самой себе титул «Великая государыня, благоверная Царевна и Великая Княжна». Стала появляться на официальных церемониях и приемах послов – не за спинкой трона, а открыто. Ее вдохновлял пример английской королевы Елизаветы.
Как только Ивану исполнилось 18 лет, Софья тут же женила его на 20-летней Прасковье Салтыковой, рассчитывая на скорое появление наследника, тогда клан Милославских получит династическое преимущество. Но прошло еще 5 лет, прежде чем царица Прасковья забеременела. Тогда засуетились Нарышкины. Петру еще и 17 лет не исполнилось, как его спешно женили. Невесту нашла царица-мать. 19-летняя Евдокия Лопухина не отличалась ни умом, ни образованностью, зато была отменного здоровья. Начиналась новая гонка: кто первый родит наследника.
У Ивана и Прасковьи родится 5 дочерей, из них выживут три: Екатерина, Анна, Прасковья. Анна Иоанновна станет российской императрицей. Дочь Екатерины Анна Леопольдовна – регентом при малолетнем императоре Иоанне VI. На нем прервется линия Романовых-Милославских.
У Петра и Евдокии родится три сына, из которых выживет только старший – Алексей. Его сын станет императором Петром II, на нем закончится прямая мужская линия Романовых-Нарышкиных.
30 мая 1689 года Пётр стал совершеннолетним. Софье, как регенту, полагалось сложить с себя полномочия. Но она не собиралась этого делать. По ее приказу Шакловитый все лето вел подрывную работу среди стрельцов, чтобы с их помощью опять совершить государственный переворот. Собирал полковников, говорил: Нарышкины хотят царевну Софью и царя Ивана извести, а стрельцов разослать по дальним крепостям. Полковники охали, но на открытый бунт не решались. Тогда были озвучены «гонорары» за участие в перевороте: рядовым по 2 рубля, сотникам по 10, полковникам по 100, плюс право грабить дворы убитых. Напряжение нарастало.
В ночь с 7 на 8 августа из Стрелецкой слободы в Преображенское тайно прибыли гонцы доложить Петру, что готовится покушение на него и переворот.
Вечером правительнице Софье доложили: в Преображенском пусто – царь Пётр, и царица-мать с беременной невесткой, и весь двор отбыли в Троице-Сергиев монастырь. За Петром ушли два потешных полка и еще стрелецкий полк под командованием полковника Лаврентия Сухарева… Повторялась история Хованщины. Только теперь время работало против нее. Из охотника она превращалась в добычу.
Из Лавры Пётр отправил письмо брату-соправителю Ивану:
«Сестра наша царевна Софья Алексеевна государством нашим начала владеть своею волею. Ныне злодеи наши Федька Шакловитый с товарищи умышляли о убивстве нашим и матери… А теперь, государь братец, настоит время царствие править самим, понеже пришли в меру возраста своего, а сестре нашей в расправе дел быти не изволяем. Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте, тому зазорному лицу государством владеть мимо нас!»
13 августа Софья направила к Петру посла – боярина Ивана Троекурова. Он вернулся ни с чем.
16 августа в Троицу поехал боярин Пётр Прозоровский. Результат тот же.
20 августа Софья упросила поехать патриарха Иоакима. Патриарх не вернулся, остался при Петре. В Троицу начали потихоньку перебираться бояре, чиновники и даже стрельцы.
27 августа Софья поехала сама на переговоры к брату, прекрасно понимая, что не нужно этого делать, что будут только напрасные унижения. Но сидеть и ждать сил не было. В 10 верстах от Троице-Сергиева монастыря, в том самом селе Воздвиженском, где 7 лет назад казнили Хованского, Софью остановил тот же самый боярин Троекуров, который две недели назад был ее послом, и передал приказ Петра возвращаться.