В марте 1994 г. А. Собчак создал в Санкт-Петербурге городское правительство, став его председателем. Первым заместителем председателя правительства Санкт-Петербурга – председателем КВС был назначен В. Путин (позже в том же году название должности было изменено: первый заместитель мэра г. Санкт-Петербурга – председатель КВС).

В марте-апреле 1994 года курировал от городской исполнительной власти избирательную кампанию по выборам Городского (Законодательного) собрания и создание подконтрольного мэрии блока «Весь Петербург» («блок Сергея Беляева»). Расставив своих кандидатов почти по всем округам, блок «Весь Петербург» получил только 4 мандата из 24 (2-е место после оппозиционного мэрии «прояблочного» блока «Любимый город», получившего 5 мандатов); из-за низкой явки избирателей еще в 26 округах выборы были признаны недействительными.

Осенью 1994 года курировал довыборы в Законодательное собрание (ЗС) Санкт-Петербурга, на которых около половины мандатов получили лояльные к мэрии бизнесмены и политики центристской и умеренно-демократической ориентации (в т. ч. 7 мандатов – «Единый демократический список», составленный из кандидатов партии «Демократический выбор России», блока «Весь Петербург», блока «Демократическое единство Петербурга» и нескольких независимых). 2-е место на довыборах заняли «Коммунисты Ленинграда» (4 мандата), 3-е место – «Любимый город» (3 мандата).

При поддержке группы независимых депутатов в ЗС Санкт-Петербурга добился в начале 1995 года снятия фракцией «Любимый город» неприемлемой для мэрии кандидатуры контр-адмирала Вячеслава Щербакова и избрания спикером более нейтрального Юрия Кравцова (от «Любимого города») – в связке с заместителями спикера независимыми депутатами Сергеем Мироновым (Строительная корпорация «Возрождение Санкт-Петербурга», избран от блока «Весь Петербург») и Виктором Новоселовым.

Весной 1996 г. В. Путин занимался (вместе с Алексеем Кудриным) избирательной кампанией А. Собчака по выборам на пост губернатора Санкт-Петербурга. В. Путину А. Собчак поручил убедить депутатов городского Законодательного собрания перенести выборы с 16 июня на 19 мая, чтобы соперники не успели провести избирательную кампанию. Ранним утром 13 марта 1996 г. В. Путин привез в ЗС президентский указ, разрешавший выборы мэра 19 мая, и проект решения о переносе выборов, а затем «на протяжении недели буквально „выкручивал руки“ городскому парламенту: кого-то уговаривал, кому-то откровенно обещал руководящую должность в мэрии, кого-то просил смириться с неизбежным» (Известия.1999. 12 авг.).

Усилиями В. Путина 20 марта – в последний день, когда можно было легально перенести выборы, – большинство депутатов проголосовало за перенос.

После поражения А. Собчака на выборах В. Путин ушел в отставку со своих постов в правительстве Санкт-Петербурга и получил приглашение от управляющего делами президента Павла Бородина стать его заместителем.

На должности заместителя управляющего делами Президента РФ (с июля 1996 г. по март 1997 г.) В. Путин курировал зарубежную собственность управления делами. Во время пребывания В. Путина на этой должности все бывшее имущество СССР и КПСС за границей было поставлено на учет и переоформлено – передано фактически в собственность Управлению делами Президента.

19 сентября 1997 года Путин был включен в состав Межведомственной комиссии Совета Безопасности РФ по экономической безопасности.

25 мая 1998 года был назначен первым заместителем руководителя Администрации Президента РФ, ответственным за работу с регионами (сменив Викторию Митину). До начала июня оставался также начальником Контрольного управления Администрации Президента (в июне 1998-го это управление по рекомендации В. Путина было поручено возглавлять Николаю Патрушеву).