С 1989 года начинается, по сути, гражданская жизнь Владимира Путина. Перед возвращением в Россию Путин отказался от возможного назначения его в структуры КГБ в Москве. Оставаясь в действующем резерве КГБ, он воспользовался возможностями «конторы», чтобы занять должность сначала помощника, а потом проректора ЛГУ по международным вопросам. Традиционно – так же как первые помощники капитанов на судах загранплавания – назначения на эти должности считались прерогативой «органов». Окончательно он уволится из КГБ только в 1992-м году. Здесь, в университете, произойдет встреча двух старых знакомых: бывшего студента и его преподавателя, Анатолия Собчака. В 1990 году вместе с проректором ЛГУ по международным вопросам Юрием Молчановым Путин участвовал в организации совместного предприятия ЛГУ и компании Procter & Gamble (P&G). Через проректора Ю. Молчанова он и возобновил знакомство с А. Собчаком. Став в мае 1990 года председателем Ленинградского городского Совета, А. Собчак взял В. Путина к себе на должность советника по международным вопросам.

С июля 1990-го по июнь 1991 года Путин значился советником председателя Ленсовета. Все помощники депутата Собчака, в том числе Путин, стали официально именоваться советниками, видимо, с момента утверждения штатного расписания аппарата Ленсовета, т. е. с начала июля 1990 года.

Через год, 12 июня 1991 года, Собчак был избран мэром Ленинграда. По результатам проходившего тогда же референдума, в сентябре 1991 года городу было возвращено старинное название: Санкт-Петербург. «В том, что Собчак стал первым всенародно избранным мэром города, – вспоминал затем Путин, – определенную роль сыграл я. Убедил многих депутатов ввести в Петербурге, так же как и в Москве, должность мэра. Собчака, как председателя Ленсовета, в любую секунду могли снять те же депутаты… Мне всё-таки удалось часть депутатов убедить в том, что это будет целесообразно для города. Кроме того, удалось мобилизовать руководителей районов города, которые придерживались того же мнения. Они не имели права голоса, но могли повлиять на своих депутатов. В итоге решение о введении поста мэра было принято Ленсоветом с перевесом в один голос».

Путин явно преувеличивает свою роль в учреждении поста мэра и избрании Собчака. В 1991 году Путин большинству депутатов был вообще неизвестен, и авторитетом не пользовался. Идея введения поста мэра принадлежала комиссии Ленсовета по организации государственной власти под руководством Михаила Горного с целью заставить Собчака хоть за что-то в городе отвечать, а не перекладывать всю ответственность на исполком Ленсовета.

Собчак после своего избрания (12 июня 1991 года) мэром Санкт-Петербурга одним из первых своих распоряжений назначил 28 июня В. Путина председателем Комитета по внешним связям (КВС) Санкт-Петербургского городского правительства с окладом 1200 рублей. Только после этого Путин уволился с должности проректора ЛГУ по международным вопросам. С этого момента авторитет Путина действительно стал возрастать. Он оказался руководителем очень важного бюрократического учреждения.

С 1992 года во время частых поездок за границу Собчак стал оставлять вместо себя «на хозяйстве» именно Путина (который, правда, за границей тоже проводил очень много времени). Факсимиле с подписью Собчака находилось именно у Путина, и в отсутствие мэра он всегда принимает самостоятельные решения. Путин даже рассказывал, что, уезжая, Собчак оставлял ему чистые листы со своей подписью. При этом Путин максимально старался находиться в тени, оставляя все представительские функции Собчаку; избегал излишней саморекламы, редко выступал по телевидению и в прессе. Правда, имидж «серого кардинала» можно было объяснить и тем, что публичные выступления Путину всегда давались тяжело. Когда изредка Путину приходилось выступать перед Законодательным собранием Санкт-Петербурга, его речи с трибуны звучали кратко и жёстко. Путин просто боялся говорить долго и прикрывал жёсткостью отсутствие какого-либо ораторского мастерства. Собчак как-то рассказывал: «Пришел Путин с собрания, я его таким никогда не видел, почему-то весь синий и, кажется, на несколько килограммов похудел!»