Саддукеи стояли на почве библейского текста в буквальном его смысле и отвергали все религиозные обычаи, не имевшие основания в Библии. Они не верили в загробную жизнь и воскресение мертвых, а также не воспринимали всерьез существование невидимых духовных сил. Как потомки священнического рода, соперничавшего с потомками Давида за власть и влияние, саддукеи признавали абсолютный религиозный авторитет лишь за книгами Моисея, не считая для себя обязательными книги пророков, проникнутые мессианской идеей с её надеждами на спасение народа отпрыском из дома Давида.

Саддукеи составляли большинство членов Синедриона.

Официальный первосвященник обращал все внимание лишь на политическую власть и находился с ней в тесном общении; религиозные движения энтузиастов его не интересовали, пока они не затрагивали общественный порядок.

Другая крупная иудейская секта-фарисеи представляла религиозно-общественное течение в Иудее в эпоху Второго Храма, возникшее во II в. до н. э. Иосиф Флавий упоминает, что фарисеев было в те времена шесть тысяч человек, что для такой маленькой страны, как Иудея, представляло очень сильную политическую организацию.

Сам Иосиф Флавий происходил из дома священников. Почти все его родственники были саддукеями, но после тщательного изучения всех трёх сект он примкнул к фарисейской, которую сравнивает с греческой школой стоиков.

Флавий писал, что «фарисеи пользовались таким авторитетом в глазах народа, что им верили безоговорочно, хотя бы они говорили против царя или первосвященника. Фарисеи ведут строгий образ жизни и отказываются от всяких удовольствий. Они следуют всему, что разум признает за благо, считая разум лучшим охранителем во всех желаниях; фарисеи сильно преданы друг другу и, действуя соединенными силами, стремятся к общему благу. Благодаря этому они имеют чрезвычайное влияние на народ. Целые общины засвидетельствовали их добродетельность и убедились, что фарисеи как на словах, так и на деле стремятся только к самому высокому».

Фарисеи являлись духовными вождями народной массы. Среди них в свою очередь доминировали «книжники», или ученые, которые в Новом завете всегда называются рядом с ними. Все наиболее авторитетные законоучителя, включая таких, как Гиллель, Шамай, Гамалиил, происходили из фарисеев; «Фарисей, сын фарисея» – так представлял себя ап. Павел.

Между фарисеями и саддукеями происходили постоянные социальные и религиозные конфликты – между теми, кто поддерживал эллинизацию (саддукеи), и теми, кто сопротивлялся ей (фарисеи).

Фарисеев в Синедрионе было меньшинство, тем не менее, их уважали, из-за чего они имели большее влияние на принятие решений.

Фарисеи чтили Ветхий Завет, верили, что все вещи находятся у Бога под контролем, однако, полагали, что человеческие решения влияют на ход событий в его жизни.

Беззаветно преданные своей религии, фарисеи фанатически верили в скорое пришествие Мессии, который освободит их от римского ига. Под руководством разного рода мессий и пророков они направлялись в пустыню или в освященные традицией районы, вызывая в стране суматоху, волнения и беспорядки. Римляне реагировали мгновенно, убивая и пытая, не делая различий между виноватыми и невиновными. Флавий рассказывает, что однажды в Иерусалиме распяли сразу две тысячи человек.

Неудивительно, что возникли организации зелотов и сикариев (кинжальщиков), объявивших войну не на жизнь, а на смерть римлянам и тем, кто с ними сотрудничал.

Дискуссия о свитках Мертвого моря и связи ессеев и исторического Иисуса ведется среди специалистов уже несколько десятилетий.