В условиях крепостного строя помещики частенько так загружали работами своих крестьян, что лишали их возможности пойти на церковную службу. Владыка Иннокентий понимал, что сам исправить это не в состоянии, и писал о том в Святейший Синод, не слишком рассчитывая на успех дела.

В Харьковской епархии владыка способствовал восстановлению двух монастырей – Святогорского и Ахтырского. В Одессе, как до этого в Киеве, Вологде и Харькове, владыка Иннокентий заботился о сохранении церковно-исторических памятников, уделял внимание археологическим изысканиям. Он увлекся мыслью о восстановлении древнего Херсонеса как места крещения святого равноапостольного князя Владимира.

Время порождало различные затруднения в церковной жизни. Например, в 1840-е годы обнаружилось, что число выпускников семинарий значительно превышает число священнических вакансий, что многие поповичи-семинаристы стремятся выйти из духовного сословия. Архиепископ Иннокентий, как член Святейшего Синода, предложил запретить прием в семинарии сыновей церковнослужителей, дабы таким путем привлечь к церковному служению подвижников из иных сословий русского общества. Ему возразил известнейший митрополит Московский Филарет (Дроздов), который указал, что из церковной среды вышло немало выдающихся служителей Церкви. Спор разрешился компромиссным решением Синода, освободившего духовных лиц от обязанности посылать своих сыновей в духовные учебные заведения (158, т. 1, с. 425–426).

В 1852 году возник спор двух выдающихся иерархов по иному поводу – преподавания латыни в семинариях. Митрополит Филарет (Дроздов), подобно многим своим собратьям, верил в ценность научного знания, а владыка Иннокентий полагал возможным усилить практическое направление при обучении будущих сельских священников. И в этом случае Синод прислушался к доводам обеих сторон: латынь потеряла в семинариях прежнее значение, но ей и древнегреческому языку все же уделялось внимание. Так в течение четверти столетия святитель Иннокентий имел большое влияние на общий ход церковных дел в России.

Архиепископ Иннокентий много времени уделял устроению своей епархии, причем не довольствовался одним наведением порядка и благолепием служения. Он первым в России предложил издавать Епархиальные Ведомости как регулярное газетное издание, что получило с 1860 года всеобщее распространение. Он способствовал созданию в Крыму новых церквей и монашеских обителей.

В 1848 году в пустынном месте, в двух верстах от Севастополя, на городской площади древнего Херсонеса в ходе археологических раскопок вместе с министром просвещения графом С. С. Уваровым он обнаружил несколько церквей. Одна из них имела две крестильни и была сочтена за церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы, в которой, по легендарному преданию, был крещен святой равноапостольный великий князь Владимир. По определению Святейшего Синода на этом месте преосвященный Иннокентий открыл монашескую обитель, а в 1853 году освятил первый небольшой храм во имя святой равноапостольной великой княгини Ольги. Позднее, во время Крымской войны, обитель была разрушена, но в 1857 году восстановлена, по плану владыки Иннокентия был построен новый храм, а в 1861 году Херсонесская Свято-Владимирская обитель возведена на степень первоклассного монастыря.

В южных губерниях внимание владыки вызывали проблемы борьбы с ересями и сектами, широко распространившимися в те годы. В Херсонской губернии, например, еще в XVIII веке возник русский штундизм, при вере в Бога отрицавший Церковь. Правительство действовало не всегда умело в борьбе со штундой и другими угрозами, подчас пренебрегая мнением Церкви. Так, на основании распоряжений Николая I в 1836 году и 1841 году в Херсонскую губернию переселили более 2 тысяч евреев, освобожденных на 25 лет от налогов и рекрутского набора. После беседы в декабре 1845 года Николая I с папой Римским Григорием XVI в августе 1847 года был заключен конкордат (соглашение) между царским правительством и Католической Церковью, которая получала возможность открыть в России седьмую епархию – на юге, в Херсоне. Архиепископ Иннокентий в своем докладе обер-прокурору