После окончательного утверждения сметы тобольский купец первой гильдии Иван Никифорович Корнилов, занимавшийся в Обдорске рыбодо-бычей, в 1883 году заключил контракт со строительным комитетом на возведение каменного храма, обязуясь в течение пяти лет закончить строительство, но к работам смогли приступить лишь в 1886 году. Увы, он переоценил свои возможности, без архитектора и других, сведущих в этом деле специалистов возведение столь сложного сооружения оказалось невозможным. Поэтому уже на следующий год все работы были приостановлены.

В 1889 г. наблюдение за сооружением собора было поручено архитектору Готлибу (Богдану Богдановичу) Цинке. В 1891 г. он приехал в Обдорск, после этого представил в Тобольскую епархию новый проект и с её согласия руководил осуществлением этого проекта. В архиве г. Тобольска хранятся документы, относящиеся к строительству этого собора. Среди них и такой (орфография и пунктуация сохранены):

«1889 г., октября 7. – Рапорт архитектора Б. Б. Цинке епископу Тобольскому и Сибирскому о строительстве каменной церкви (осмотр Обдорска).

.По приглашению комитета по постройке каменной церкви в селе Об-дорске, чрез тобольского купца Ивана Николаевича Корнилова 29 мая с.г. и согласно резолюции Вашего Преосвященства от 16 июня за №1552, я из Тобольска выехал в с. Обдорск для принятия на себя обязанности производителя работ при постройке церкви, согласно утвержденных проектов. Прибыв на место постройки 7 июля с.г. я нем [ед] ленно освидетельствовал работы, произведенные в про [т] яжение четырех лет и нашел, что земля, выбросанная из рва под фундамент неправильными кучами образовала углубления, в которые стекает дождевая вода и не имея выхода всасывалась в фундамент и стены, размачивая и [з] вестковый раствор и кирпич. Фундамент из булыжных камней на известковом растворе основан на вечном льду, глубиною от уровня земли от 2!/!> до 3 аршинов, а слой вечного льда начинается от уровня земли на 12 и 16 вершков вглубь земли, обрыв фундаментов выступает вперед, против цоколя стены от 4 до 9 вершков, более чем требуется для устойчивости основания стен по строительным правилам. По уборке, по моим указаниям, земли от стен и отливки воды из ям, исправлен фундамент, заделывая пространство вместо промывшего известкового раствора цементным раствором, также заменив слабый и испорченный от сырости кирпич новым хорошего качества на цементном растворе. Ямы около стен и фундамента засыпаны песочной землей, смешанной с известковым мусором, с плотною утрамбовкою уклонным образом, чтобы дать стоки дождевой воде от строения. Существовавшие два года вокруг стен леса, намощены были плахами сплошь к стенам и передающие все время падающую на них дождевую воду, от чего стены совершенно промокли, так что по наружным сторонам кирпичей обросли зелень и мох; по уборке плах на лесах от стен, стены и находящийся там в небольшом количестве слабый кирпич заменен новым, хорошего качества и по заделке незначительной трещины под окном на северной стороне алтаря, я нашел возможным без ущерба в прочности, продолжать постройку. Материалы для постройки, доставленные подрядчиком, по осмотру оказались хорошего качества, соответствующие своему назначению. Стены колокольни были разобраны до моего приезда и начата кладка таковых вновь, согласно распоряжения архитектора Гартунга и утвержденного проекта; также были сломаны четыре каменных столба, на которых основывается главный купол церкви и частию сложено вновь, по указанию и чертежу архитектором Гартунгом, хотя с отступлением утвержденного проекта; и я нашел возможным допустить таковые изменения к более свободному и приятному виду внутри церкви. Своды над ризницею и сторожка построены по личному указанию инженер-технолога Колодеева, постройка эта противоречит строительному правилу и непрочна, что ясно доказывается тем, что как только по моему указанию ослабили кружалы под оным, своды рухнули и проломили своей тяжестью кружалы. Каменные стены ограды построены с трех сторон без столбов между решетками и без лицевой стороны с воротами и калитками; материалы на постройку ограды употреблены хорошего качества, но по местному положению, место под ограду следовало бы выровнять и снять земли по линии ограды по крайне мере от % до 1 аршина, чтобы дать дождевой воде сток от церкви и потом построить ограду, тогда ограда не закрывала бы наружный вид церкви, как в настоящем виде.