Военная реформа 1550 г., проведённая воеводой Михаилом Воротынским, заложила основу регулярного стрелецкого войска. Главной боевой силой русской армии отныне становилась дворянская поместная конница, а не бояре со своими дружинниками, как это было раньше. Были приняты также меры по укреплению артиллерийского парка, организации пограничной стражи, кроме того, несколько ограничен принцип наместничества при назначении на высшие командные посты.

Церковный собор 1551 г. укрепил внутреннее единство православной церкви и одновременно усилил её зависимость от светской власти. На этом соборе была подведена последняя черта под многолетним спором нестяжателей и иосифлян по поводу церковных богатств. Нестяжатели – последователи монаха-аскета Нила Сорского – призывали церковников вернуться к временам первых апостолов, которые сами были наги, голодны и к тому же призывали своих последователей. Они требовали от церкви отказаться от земных благ в виде огромных земельных владений монастырей и пышного убранства храмов. Игумен Волоколамского монастыря Иосиф Во-лоцкий, напротив, учил, что владеть земными богатствами церкви вовсе не зазорно. По его мнению, церковные богатства являются своего рода государственным резервом на случай вражеского нашествия или иных бедствий. Средства также нужны церкви для занятия благотворительной деятельностью, и, кроме того, пышное убранство храмов и священников оказывает сильное эмоциональное воздействие на прихожан. Казалось бы, власти было выгоднее поддержать нестяжателей и под их идеологическим прикрытием захватить монастырские земли. Однако нестяжатели, помимо своих противников-ио-сифлян, неустанно разоблачали произвол и поборы царя и его наместников, что, конечно, власти никак не могло понравиться. Зато иосифляне при условии сохранения монастырского землевладения и церковных богатств гарантировали полную лояльность царской власти. Поэтому власть их поддержала, объявив учение Нила Сорского глубочайшей ересью.

В свою очередь, русская церковь пошла на уступки государственной власти. Раньше владельцы поместий могли завещать свои земли монастырям. Таким образом, монастыри расширяли свои владения, а у государства иссякал земельный фонд для наделения новых бояр и дворян, желавших служить царю. Теперь каждое боярское пожалование монастырю подлежало обязательному утверждению царём, который часто его не давал. Кроме того, отныне церковь должна была платить государству своеобразный налог, так называемые «полоняные деньги», под благовидным предлогом, якобы для выкупа христианских невольников из турецкого или татарского плена. Это также очередное свидетельство усиления зависимого положения церкви от самодержавного государства.

Для поднятия авторитета Русской православной церкви и дистанцирования её от Константинопольского патриархата на соборе 1551 г. были провозглашены 38 новых русских святых и упорядочена внутренняя организационная структура церкви.

Такая попытка решения стоящих перед государством проблем при опоре на исконно русские идеалы и ценности принесла свои плоды. В 1552-1556 гг. были завоёваны Казанское и Астраханское ханства, нанесён удар по Крымскому ханству и Ногайской Орде. Удачным для Московской Руси стал первый период Ливонской войны (1558-1583 гг.), до 1564 г., когда русские войска заняли почти всё Балтийское побережье.

Однако вскоре Иван IV круто повернул от политики реформ к опричнине, явившейся торжеством самого необузданного деспотизма. Опричнина продолжалась более семи лет (с декабря 1564 г. по сентябрь 1572 г.). Каковы бы ни были побудительные мотивы у Ивана IV для проведения такой политики, суть её заключалась в окончательном торжестве азиатско-византийского начала над остатками былых русских вольностей в виде соборно-вечевого уклада и органов местного самоуправления. Особый интерес вызывает первый в истории страны факт использования некоторых европейских политических форм для утверждения азиатского деспотизма. Ведь быт и устройство опричного войска очень напоминали уклад ближайшего к Московскому царству Ливонского духовно-рыцарского ордена. Вступавшие в состав опричного войска тоже отрекались от своих родных и близких, давали клятву посвятить остаток жизни борьбе за торжество избранного идеала. Существовала в опричном войске и особая атрибутика в виде чёрной одежды, а также метлы и собачьей головы, притороченных к седлу лошади. Метла означала стремление вымести всех врагов царя, а собачья голова – выгрызть всю измену. Также по примеру рыцарей Ливонского ордена опричники были наполовину воинами, наполовину монахами. Александровская слобода, где располагался своего рода командный штаб опричного войска, напоминала монастырскую слободу. Сам царь велел именовать себя игуменом, его любимый палач Малюта Скуратов носил звание келаря, другие видные опричники тоже имели свои монашеские чины. Пресытившись пирами и убийствами, царь и его опричники одевались в монашеское платье и служили молебен по погубленным ими людям.