При наделении органов исполнительной власти субъектов Федерации отдельными федеральными полномочиями представляется возможным в ряде случаев предусмотреть реорганизацию территориальных органов федеральных органов исполнительной власти. Возложение на исполнительные органы государственной власти субъектов Федерации федеральных полномочий должно сопровождаться совершенствованием механизмов взаимодействия органов исполнительной власти федерального и регионального уровней. Прежде всего, речь идет о наделении территориальных органов федеральных органов исполнительной власти правом контроля за реализацией органами исполнительной власти субъектов Федерации возложенных полномочий; разработке форм соответствующей отчетности, определении сроков ее предоставления; обеспечении права беспрепятственного доступа к информации, имеющейся в органе исполнительной власти субъекта Федерации, руководителю специального территориального органа исполнительной власти, осуществляющего возложенные полномочия; образовании при высшем должностном лице субъекта Федерации совещательных органов, в состав которых могут быть включены по согласованию руководители территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, осуществляющих контроль; обеспечении единообразия наименования территориальных органов федеральных органов исполнительной власти и исключении дублирования их наименований с наименованиями исполнительных органов государственной власти субъектов Федерации.

В связи с возложением на органы исполнительной власти субъектов Федерации полномочий территориальных органов федеральных органов исполнительной власти необходимо обеспечить своевременную корректировку схем размещения территориальных органов. Часть названных органов в субъектах Федерации может быть ликвидирована в случае передачи всех их полномочий. В этом случае контроль за осуществлением возложенных на исполнительные органы государственной власти субъектов Федерации полномочий можно возложить на существующие или вновь образованные межрегиональные или окружные территориальные органы федеральных органов исполнительной власти (в зависимости от конкретных социально-экономических, природно-географических и иных условий один орган на федеральный округ или один орган на три-четыре субъекта Федерации, расположенных в пределах соответствующего федерального округа). При наличии межрегионального и регионального территориальных органов федерального органа исполнительной власти необходимо исключить дублирование их компетенции.

Кроме того, в случае передачи всех полномочий территориального органа федерального исполнительного органа на уровень субъекта Федерации данный орган целесообразно реорганизовать в орган исполнительной власти субъекта Федерации.18 При этом требуются определенные гарантии участия федерального исполнительного органа в реорганизации своего территориального органа в виде согласования структуры вновь образуемого исполнительного органа субъекта Федерации, осуществляющего переданные полномочия федерального исполнительного органа и согласования кандидатуры руководителя такого органа. Указанные согласования можно осуществлять либо только в определенный переходный период реорганизации и в отношении первого руководителя исполнительного органа субъекта Федерации, либо закрепить соответствующие полномочия за федеральным исполнительным органом на постоянной основе. Практика складывается в пользу второго подхода.

Вместе с тем указанные согласования с федеральным исполнительным органом целесообразно допускать лишь в отношении структуры исполнительного органа, образуемого при реорганизации территориального органа федерального исполнительного органа, который осуществляет переданные полномочия федерального исполнительного органа. Если существующий в субъекте Федерации исполнительный орган осуществляет часть переданных полномочий федерального исполнительного органа наряду с собственными полномочиями, его структура и кандидатура руководителя должны определяться субъектом Федерации самостоятельно без участия федеральных исполнительных органов.