По сведениям, собранным в 1722–1723 гг. российским посольством капитана И. Унковского к хунтайджи Цеван-Рабтану, в Джунгарии было много пленных бухарцев, построивших городок в устье реки Хоргоса. В плену у джунгар с 1715 до 1733 г. находился швед Иоганн Густав Ренат, который научил их лить пушки, печатать книги и некоторым ремеслам. Возвратившись в Швецию, он составил карту Джунгарии, с указанием ставок кочевников в Джунгарском Алатау и по берегам рек. Все это помогло джунгарам одерживать победы над народами Центральной Азии.

После падения Джунгарского ханства под натиском Цинской империи, казахи и киргизы заняли все Семиречье, считаясь номинально китайскими подданными, но фактически были совершенно независимыми до утверждения в Семиречье российского правления[39].

В 1741–1742 гг. возобновилось наступление джунгар на казахские жузы. Джунгары продвинулись до р. Орь, но, не получив поддержки у волжских калмыков, по требованию русского правительства отошли на свои исконные земли. Казахи Младшего и Среднего жузов сконцентрировались вдоль линий русских укреплений. 5 марта 1741 г. указом Правительствующего Сената было разрешено в период опасности впускать в крепости казахское население в случае нападения джунгар. В 1742 г. для урегулирования отношений в Джунгарию был направлен Г. Ф. Миллер. Поездка оказалась успешной, ему удалось нейтрализовать натиск джунгар на казахские земли в верховьях Черного Иртыша и в районе Колывано-Воскресенских заводов и освободить из плена султана Аблая, заверив джунгарского хунтайджи Галдан-Церена, «чтоб оной хан верным подданным е.и.в. киргиз-кайсакам впредь никакого утеснения и разорения б не причинял и чтоб их оставил во всяком покое и войско бы свое впредь для разорения их не присылал»[40].

В 40-х годах продолжалось укрепление линий и хозяйственное освоение Южной Сибири. В 1745 г. сюда был командирован генерал С. В. Киндерман с пятью драгунскими полками. По его распоряжению было дополнительно построено 24 укрепления: вдоль р. Иртыш – 3 форпоста, 11 редутов, маяки, защиты. Им же укреплена граница на Алтае для прикрытия Колывано-Воскресенских горных заводов от набегов джунгар, которые в 1744 г. разорили рудник Чарышский, и для защиты калмыков, живших в Кузнецком округе. Здесь была построена цепь укреплений через весь Алтай от форпоста Шульбинского на Иртыше до Кузнецка. Колывано-Кузнецкая линия состояла из 9 крепостей и 59 редутов[41]. Часть этой линии от Усть-Каменогорской крепости до Тигерецкого форпостов была передвинута в 1764 г. вперед и получила наименование Бийской линии. С северной стороны казахской степи вместо Ишимской линии С. В. Киндерман построил в 1752 г. Пресногорьковскую линию от Омска к Оренбургской губернии до крепости Звериноголовской. Новая линия тянулась на 548 верст и выдвинулась вперед от 50 до 200 верст, включала 11 крепостей, 93 редута, 42 маяка.

На вновь построенных линиях были размещены Сибирский полк, приведенные С. В. Киндерманом драгунские полки и 2 тыс. крепостных казаков. Дополнительно для строительства крепостей и острогов посылались на временную службу сибирские крестьяне, под именем выписных казаков. В 1758 г. была командирована 1 тыс. человек из Донского и Яицкого казачьих войск на два года, а позднее на год посылались башкиро-мишарские команды. Часть из проходивших службу на линии добровольно поселялась здесь и входила в состав крепостных казаков. Кроме исполнения военной службы и строительных работ они занимались в крепостях казенным хлебопашеством, введенным С. В. Киндерманом для улучшения продовольствия у пограничных войск, которые не всегда надежно обеспечивались подвозом хлеба из сибирских округов. На казенные пашни наряжалось по всей линии 600 крепостных казаков. В 1800 г. казенное хлебопашество было отмечено Правительствующим Сенатом