В середине XVIII в. Средняя Азия подверглась нападению персидского шаха Надира Афшара. Он, одержав победы в Афганистане, на Кавказе и Индии в 1740 г. через Балх и Чарджоу вступил в Мавераннахр. Бухара стала вассальным владением Надир-шаха. Далее Надир-шах захватил Хиву, после упорного сопротивления Ильбарс-хана, погибшего в бою.
В 1747 г. Надир-шах был убит своими царедворцами и созданное им огромное государство распалось.
Ахмад-хан из рода абдали, военачальник Надир-шаха, после убийства последнего, отправился в Кандагар и сумел объединить вокруг себя вождей афганских племен. В 1747 г. он был провозглашен шахом Афганистана. В состав государства Ахмад-шаха вошли многие области, населенные таджиками и узбеками, в частности, Герат. В 1751 г. Ахмад-шах послал войска на южный берег Амударьи, населенный таджиками и узбеками. Временно были подчинены Ахмад-шаху ханства Андхой, Меймене, Ахча, Шибирган. В Балхе был размещен афганский гарнизон.
Позднее, в XIX в. таджикские, узбекские и туркменские земли левобережья Амударьи в результате военных действий афганской стороны были включены в состав Афганистана. О положении перечисленных народов сохранились сведения афганского автора XIX в. Мухаммед-Хаят-хана в его сочинении «Хаяти Афган»: «Они давно потеряли права землевладения и переведены на положение арендаторов или подневольных батраков у афганцев»[24].
В 1747 г. Мухаммед-Рахим-бий убил Абулфайз-хана и его наследников и стал эмиром Бухарского эмирата, основателем Мангытской династии. При нем усилилась феодальная раздробленность государства и сократилась его территория.
В XVIII в. независимыми владениями объявили себя Шахрисябз, Гиссар и Бадахшан. Куляб в верховьях Зеравшана оставался полусамостоятельным и управлялся местными правителями[25].
В Бухарском эмирате при эмире Шохмуроде (1785–1800) наступила стабильность, проводились реформы в государственном управлении и экономике. Эмир Шохмурод отвоевал у Ирана Мерв. Воюя со своим братом Умар-бием – наместником Мерва, Шохмурод разрушил Мургабскую плотину и переселил большую часть населения в Самарканд и Бухару, что привело к полному запустению Мервского оазиса.
Эмир Шохмурод совершил несколько военных походов в персидский Хоросан, откуда привез в Бухару много пленных жителей, что способствовало развитию работорговли.
Правление эмира Насрулло (1826–1860) в Бухарском эмирате отличалось постоянными войнами с Хивинским, Кокандским и Шахрисябским ханствами, что нанесло урон хозяйству и культуре Средней Азии.
Кокандское ханство в Ферганской долине расширилось и укрепилось в правление ханов из династии Минг при Алим-хане (1800–1809) и Умар-хане (1809–1822). Алим-хан совершил 15 походов на Ура-Тюбе, воевал с Хорезмом и казахскими ханами, расширил границы Кокандского ханства далеко на север и в 1808 г. захватил Ташкент и земли по берегам р. Чу. В 30-х гг. XIX в. им были завоеваны Каратегин и Дарваз, населенные таджиками.
Бухарский эмир Насрулло вел войны с Кокандским ханством, опустошил Ферганскую долину.
Постоянными были военные столкновения между Шахрисябзским ханством и Бухарским эмиратом. Правитель Шахрисябза захватил часть Яккабага и Чиракчи. Только в 1856 г. эмир Бухары Нас рулло подчинил себе Шахрисябз.