Южные и юго-восточные территории с таджикским населением в начале были независимыми владениями. В 1800 г. Гиссар признал зависимость от Бухары, его жители участвовали в объединенных войсках Гиссара, Андхоя и Балха в бухарских военных походах. В первой половине XIX в. названные области перестали зависеть от Бухары. Независимыми феодальными владениями стали Каратегин, Дарваз, Рушан, Шугнан, Вахан, населенные таджиками.

В 1877 г. Каратегин и Дарваз были подчинены Бухарским эмиратом.

Балх, Меймене, Андхой, Катаган сохранили самостоятельность. Здесь правили узбеки, а основные жители были оседлыми таджиками.

В середине XIX в. независимый Бадахшан распался на три самостоятельных района: Центральный с городом Файзабад, Западный – с городом Рустак, Восточный – с городом Ишкашим.

В 60-х гг. XIX в. российские войска начали продвижение в Среднюю Азию. В 1865–1866 г. пали Ташкент, Ходжент, Ура-Тюбе и Джизак.

В 1860–1885 гг. бухарский эмир захватывает Гиссар и Куляб[20].

Таджики жили на территории Бухарского эмирата, Кокандского ханства и Афганистана. В последнем таджики составляли значительную часть населения Кабула, Джелалабада, Кухистана. Они селились в домиках Пяндшира, Горбенда, Ниджроу, Кунгара, Хосты. На севере Афганистана вместе с таджиками селились узбеки.

В Бухарском эмирате и Кокандском ханстве таджики жили в сельской местности и городах Самарканд, Ходжент, Бухара, Ура-Тюбе, Гиссар.

Таджики составляли большинство в верховьях рек Чирчик и Зеравшан и горных долинах, отделяющих Зеравшан от Сырдарьи. Их соседями были узбеки, казахи, киргизы.

В XIX в. отмечались переселения таджиков из Бухары и Самарканда в пределы Кокандского ханства и наоборот. Таджики утратили родовое деление и селились как отдельными анклавами, так и смешанно с другими народами, в том числе и с узбеками, селившимся с учетом их родоплеменного состава[21].

В правление Абдулло-хана Шейбанида (1583–1588) был завоеван Бадахшан, Ташкент и Хорезм. Из Самарканда он перенес столицу в Бухару, а ханство стало называться Бухарским, куда входили Самарканд, Ташкент, Бухара, Карши, Мианкальская долина, Балх, Гиссар.

При шахе Персии Аббасе I Сефевиде (1587–1628) была завоевана значительная часть Хорасана. Казахский хан Тевеккель захватил Ташкент. Из-за отсутствия наследников прервалась династия Шейбанидов. Феодальная аристократия, в связи с гибелью наследников-шейбанидов, возвела на престол старшего сына Джонибека Дин-Мухаммеда Аштарханида. Этим было положено начало правления династии аштарханидов.

В результате войн аштарханидов против казахского хана Тевеккеля и персидского шаха Аббаса им удалось удержать в своем владении бóльшую часть Средней Азии и область Балха.

В результате междоусобиц среди феодально-родовой знати Мавераннахра у аштарханидов не прекращалась борьба за обладание верховной властью в ханстве[22].

Еще в XVI в. в Хорезме возникло самостоятельное Узбекское ханство во главе с ханом Ильбарсом, одним из потомков чингизидов по линии казахских султанов. В период правления ханов Абулазиза и Субхон-Кули обострились отношения между Хивинским ханством и Бухарским эмиратом. После того, как бухарские ханы завладели долиной Кундуза, они делали набеги на Бадахшан, пытаясь овладеть рубиновыми копями, где добывалась шпинель.

В XVII в. в связи с высыханием рукава Амударьи, снабжавшего водой столицу ханства – город Ургенч, столица, как сказано выше, была перенесена в Хиву и ханство стало называться Хивинским.

При последнем представителе династии аштарханидов Абулфеиз-хане (1711–1747) ханство распалось на отдельные самостоятельные области