Впрочем, несмотря на бегство учителя, организованное им сообщество сумело оправиться от удара и восстановить свою деятельность. Пифагорейцы вновь добились влияния в Кротоне, а также во многих других городах Южной Италии. Нигде власть не захватывалась непосредственно, но всегда оказывалось так, что отдельные выпускники школы занимают высокие должности в правительствах своих полисов, умело отстаивая при этом интересы аристократии.

Так или иначе, но экономика Великой Греции продолжала развиваться, и к середине V века до нашей эры переход власти к демократическим партиям стал неизбежен. В этот период в разных городах почти одновременно (но независимо) начались нападения на пифагорейцев, погромы и поджоги. Немногие уцелевшие сбежали на Пелопоннес или в Фивы, где, правда, уже не смогли добиться заметного влияния.

Оставшиеся в Южной Италии группы последователей Пифагора прекратили активное вмешательство в политику, но, когда в начале IV века до нашей эры сицилийский тиран Дионисий объединил под своей властью всю Южную Италию, начались новые гонения. Оставшиеся пифагорейцы спешно перебрались в континентальную Грецию, после чего любая политическая деятельность с их стороны полностью прекратилась.

Чем слабее становилось влияние пифагорейцев, и чем сильнее забывались реальные слова их учителя, тем больше чудес и удивительных способностей начинали приписывать самому Пифагору. В итоге он превратился в полумифическую фигуру – основателя одновременно и религиозно-мистического союза, и дедуктивной школы математиков.

Тот факт, что Пифагор обосновался в Южной Италии, не являлся случайным. Долгое время Иония пользовалась выгодами от соседства с восточными царствами, но после окончательного попадания под власть персов она перестала быть центром греческой мысли. Многие привыкшие к свободе эллины покинули Малую Азию и отправились в богатую Великую Грецию (Южную Италию), где было много земли, и всегда требовались рабочие руки.

Среди таких переселенцев оказался и Ксенофан из Колофона, вынужденный на чужбине зарабатывать хлеб исполнением эпических поэм. Статус рапсода и частые странствия позволили ему проповедовать весьма смелое по тем временам учение. Несмотря на постоянную работу с гомеровскими историями, Ксенофан осуждал безнравственных олимпийских богов. Он заключал, что не боги сотворили людей по своему подобию, но наоборот – человек выдумал богов похожими на себя. Каждая нация наделяет своих богов тем цветом глаз, волос и кожи, которыми обладает сама. Если бы животные могли изобразить свое божество, то у львов бы оно имело клыки и гриву, а у быков – рога и копыта.

Далее Ксенофан приходит к выводу о том, что, все распространенные мифы и суеверия являются противоречивыми, неэтичными и абсолютно не обоснованными. Глупо верить в измышления наших предков о кентаврах, гигантах и дарах небес, ведь всё необходимое люди добыли и создали сами, а вовсе не получили свыше.

При этом, отказавшись от старых верований, создавать новую религию вовсе не следует, а нужно лишь отбросить все лишние суеверия. Как продолжатель ионийской философии, Ксенофан выступает с позиции пантеизма и объявляет первоначалом неизменное вечное бытие, называя богом сам мир, имеющий метафорическую идеальную форму шара. Вселенная существовала всегда, и будет существовать всегда. Сам бог неподвижен, но вездесущ и способен своей мыслью придавать движение всяким предметам. Описывать же бога Ксенофан не считал возможным, чем заложил начало апофатического метода, когда нечто определяется исключительно через отрицательные предикаты. Невозможны также никакие точные знания о сверхъестественном мире, а хоть какой-то достоверностью обладает лишь познание природы. Тем самым были разделены теология, как постижение Абсолюта (не все согласились с тем, что он непостижим), и натурфилософия, как знание об окружающем мире.