В своей школе Пифагор установил жесткую дисциплину, его предписания считались божественными, а все заимствованные с Востока необычные ритуалы соблюдались неукоснительно. Впрочем, большая часть странных правил пифагорейцев, скорее всего, является выдумкой поздних авторов: едва ли знатные и успешные в жизни люди действительно никогда не употребляли в пищу бобов, не ломали хлеба и не поднимали упавшие предметы. С другой стороны, нужно признать, что некоторая обрядность, очевидно, служила скрепляющим фактором для всех учеников школы.

Зато достоверно известно, что большее значение Пифагор придавал воспитанию и образованию юношества, в частности занятиям математикой, которая включала в себя арифметику, геометрию, астрономию и музыку. Занятия науками, правда, не считались наиважнейшим делом, и большинство учеников не углублялись в них слишком сильно. Нумерологические соотношения использовалась скорее в мистических целях, позволяя обосновать великую мудрость учителя, а также подтвердить космический порядок мироздания. На самом деле имеются серьезные сомнения в том, что пифагорейцы действительно придавали числам настолько большое значение, как это считалось позднее. Скорее всего, при общем низком уровне математических познаний ранних греков (особенно в колониях) чье-то увлечение вычислениями само по себе казалось разновидностью странной религии.

Также Пифагор проповедовал, что людям для правильных поступков нужна сильная власть; что всегда следует придерживаться отеческих порядков; что справедливо давать каждому соразмерно его достоинству, а вот делить все поровну – несправедливо; что бессмертные души переселяются в тела других людей или животных; что все повторяется и не бывает ничего по-настоящему нового. В любом случае, как вскоре выяснилось, главной целью всего обучения являлась тайная подготовка верных учеников к управлению государством.

При этом нужно признать, что Пифагор действительно давал достойное образование: из его школы выходили оригинальные мыслители, умелые ораторы и даже олимпийские чемпионы (очевидно, что среди занятий присутствовала не одна лишь математика). Со временем, однако, всем вокруг стало очевидно, что свой авторитет и мудрость Пифагор использует, дабы сплотить вокруг себя группу преданных и хорошо подготовленных к политической борьбе людей. Хоть сама школа не занимала никакого места в структуре городского управления, зато ее знатные воспитанники постепенно взрослели и погружались в государственные дела. Влияние Пифагора росло, его ученики постепенно получали все больше важных должностей, и в итоге он сумел склонить кротонский совет к войне с богатым городом Сибарис. Назначенный стратегом пифагореец и олимпионик Милон без труда разгромил вражеское войско.

Данная победа фактически сделала Кротон сильнейшим полисом Южной Италии, но одновременно пошатнула позиции Пифагора. Многим не нравилась, что авторитарное тайное общество прибирает к рукам власть в городе. Простой народ возмущался еще и тем, что пифагорейцы (будучи искусными геометрами) несправедливо поделили отобранную у Сибариса землю. В результате недовольные кротонцы организовали заговор и подожгли дом, где собрались сторонники Пифагора. Многие из них погибли, а сам он едва спасся бегством и долго не мог найти селения, где бы его пожелали принять.

О дальнейшей жизни опального философа известно мало, но, похоже, что он продолжил заниматься политикой, вновь вызвал народный гнев и был вынужден искать убежища в храме города Метапонт, где и умер от голода, не решившись выйти к разъяренной толпе.