Почувствовав, что Афины ослабли, от них сразу же откололся остров Хиос и многие ионийские города, причем Спарта и Сицилия послали им в поддержку свой флот. Персия тут же вступила в переговоры с Алкивиадом и передала ему значительные средства на поддержку войны в Эгейском море. Впрочем, персам была выгодна не победа Спарты, а лишь волнения в регионе, поэтому их финансовая поддержка оказалась нестабильной, что сильно влияло на снабжение и эффективность спартанских сил. Афиняне же сосредотачивали все доступные ресурсы и спешно строили новые корабли.

На фоне военных неудач в Афинах произошел государственный переворот, и к власти пришла группа олигархов, однако афинский флот не признал новое правительство. Воспользовавшись сумятицей двоевластия, тутже восстал богатый остров Эвбея и несколько городов в черноморских проливах, через которые шли основные поставки хлеба в Аттику. Эти выступления подавил перешедший обратно на афинскую сторону Алкивиад, который надеялся, что сможет вернуться в город в ареоле победителя и получить там неограниченную власть. Вскоре с его помощью Афинам удалось одержать ряд важных побед и почти вернуть себе былое могущество. Военные успехи сопутствовали падению олигархического режима, и в городе вновь установилось демократическое правление.

Впрочем, средств на жалование морякам постоянно нахватало, а воодушевленные афиняне стали настойчиво требовать от Алкивиада все больших успехов, при том, что число его противников в городе тоже было немалым. Воспользовавшись незначительной военной неудачей, народное собрание проголосовало за отстранение Алкивиада, после чего тот удалился в добровольное изгнание. Так Афины сами лишили себя своего лучшего военачальника.

Спарта же, напротив, направила в Эгейское море энергичного Лисандра, сумевшего заручиться серьезной поддержкой Персии. Афиняне, потратившие на новые корабли свои последние средства – драгоценную утварь Парфенона – все же сумели отыскать стратегов, способных потопить часть вражеских кораблей и выиграть очередное сражение. Однако из-за шторма не удалось выловить тела моряков с затонувших в битве афинских триер, и за такое кощунство флотоводцев-победителей казнили по возвращении домой. Народное собрание боялось уже любых удачливых полководцев, поскольку они могли воспользоваться своей популярностью и попытаться захватить власть в городе.

Тем временем оставшиеся корабли Лисандра продолжили блокировать черноморские проливы. Наспех собранные деморализованные остатки афинского флота безо всякого руководства вышли навстречу спартанцам, но попали в ловушку и были полностью уничтожены.

У афинян закончились корабли, войска и деньги. Осажденные с суши и с моря, они держались пять месяцев, но, не имея надежды на спасение, сдались. По условиям мирного договора Афины больше не могли строить флот, лишались заморских владений, разрушали часть оборонительных сооружений и заключали союз со Спартой. Изгнанные олигархи вернулись в город, и на некоторое время даже захватили там власть, организовав с подачи спартанцев «правление тридцати тиранов». Впрочем, через некоторое время аристократы развернули такой террор, что были свергнуты, и демократия на некоторое время восстановилась.

Последствия Пелопонесской войны навсегда изменили греческий мир. Противостояние спартанцев и афинян очень быстро переросло из «правильной» войны по классическим правилам в безжалостную резню. Осквернялись храмы, уничтожались города, опустошались целые регионы. Почти в каждом полисе обострились социальные конфликты: повсеместно вспыхивали гражданские волнения и перевороты. При этом военные действия, строительство флота и снабжение войск обходились крайне дорого. Побежденные Афины оказались полностью разорены и больше не сумели восстановить былого величия. Однако и в победившей Спарте простые жители в массе своей существенно обеднели, зато верхушка сказочно озолотилась и начала скупать землю менее удачливых сограждан. Архаичный государственный строй, неизменный со времен легендарного Ликурга, стремительно разложился.