Наследниками Испанского королевства кортесы признали отпрысков Хуаны Безумной. Всего она оставила шестерых детей – Элеонору, Карла, Изабеллу, Фердинанда, Марию и Екатерину.  Бедная женщина так и не оправилась от своей потери. Пережив Филиппа почти на полвека, Хуана влачила своё безрадостное существование в заточении в Тордесильясе, будучи королевой только по названию.

Сообщение о смерти единственного законного сына до глубины души потрясло Максимилиана. Он на многие дни удалился в свои покои, отказавшись от еды и питья. Вероятно, император раскаивался в том, что так и не смог наладить отношения с сыном. Единственным членом семьи, имевшим хорошие отношения с Филиппом на протяжении всей его жизни и влиявшим на него, была его сестра Маргарита. Время от времени он просил совета у неё, но не у отца, давно ставшего ему чужим, если он вообще когда-либо испытывал к Максимилиану сыновние чувства. Его внезапная смерть уберегла Испанию от бесконечных мучений гражданской войны. Если король Фердинанд хотел её предотвратить, то ему это удалось. В противном случае историю определила случайность (хотя, говорят, в нашей жизни нет ничего случайного).

Сообщив ужасное известие детям Филиппа, гувернёр Карла, сеньор де Шевре, написал Максимилиану:

– Они выразили боль соответственно своему возрасту, но даже больше, чем я ожидал.

Маргарита же сама сочинила латинскую эпитафию своему брату, которая заканчивалась криком боли из «Плача Иеремии»:

– Подождите и увидите, что есть скорбь, то есть моя скорбь!

Знаменитый гуманист Эразм из Роттердама также посвятил эрцгерцогу латинский панегирик. А ещё Маргарита получила сочувственное письмо с соболезнованиями от Людовика XII.

Но, хотя её брат был мёртв, Генрих VII не оставил надежду заполучить в жёны Маргариту. 1 октября 1506 года он написал её отцу, что «ему сообщили, что мадам Маргарита создаёт большие трудности с ратификацией брачного договора», а затем пригрозил: