Маргарита покинула Брюссель в конце октября, чтобы присоединиться к своему будущему мужу в Женеве. Она путешествовала медленно, потому что дороги были плохими, а дни короткими. Маргарита Йоркская сопровождала её половину пути, а брат Филипп в компании фламандских дворян решил ехать с ней до Женевы за свой счёт, хотя герцог Савойский послал двести пятьдесят рыцарей, чтобы те встретили его невесту и выступили в качестве телохранителей.

Жители городов, через которые она проезжала, оказывали ей сердечный приём и желали ей удачи. Они предлагали Маргарите подарки в виде вина и оленины, диких кабанов, куропаток, кроликов и откормленных телят. Епископ Труа дал ей ключи от своего погреба, пока она оставалась у него в гостях. А в Доле жители подарили ей «шесть пуншей вина, шесть овец, шесть телят, шесть дюжин каплунов, шесть диких гусей и двенадцать лошадей, нагруженных овсом».

Именно в этом городе Рене, брат Филиберта, известный как Бастард Савойский, женился на Маргарите по доверенности в воскресенье, 28 ноября. Он подарил невесте бриллиантовое сердце, увенчанное жемчужиной, и пояс, украшенный двадцатью шестью бриллиантами, десятью крупными карбункулами и жемчугом без числа. Когда наступил вечер, Маргариту, одетую в золотое платье с подкладкой из алого атласа и украшенную великолепными драгоценностями, уложили на парадную кровать, в то время как Рене в полном вооружении прилёг рядом с ней. Через несколько мгновений он поднялся с кровати и сказал:

– Прошу прощения, прекрасная госпожа, за то, что прервал Ваш сон, и прошу Вас подарить мне поцелуй в знак примирения!

Поцелуй был любезно дан, и Рене, бросившись на колени, поклялся всегда быть её верным слугой. Маргарита заставила его встать, пожелала ему спокойной ночи и подарила золотое кольцо с бриллиантом.

Из Доле Маргарита отправилась в Ромен-Мотье, маленькую деревушку примерно в двух милях от Женевы, затерявшуюся в уединённой долине. Там до сих пор можно увидеть разрушенные стены старого аббатства чёрных монахов, где Филиберт встретил свою невесту одним зимним утром и где 4 декабря 1501 года Луи де Горревод, епископ Морьена, обвенчал их.

– Надобно заметить, что Маргарита Австрийская красотою затмила всех прочих принцесс христианского мира. … Принцесса эта была замужем первым браком за королём Карлом VIII, вторым – за Хуаном, сыном Арагонского короля, а третьим – за герцогом Савойским, по прозвищу Красивый, так что в своё время их называли самой красивой парою в мире, – писал в своих мемуарах Брантом.

Ему вторил хронист Жан ле Мэр:

– Принц в расцвете сил, отличающийся своей силой и красотой, обладающий большими благами…, которого боятся его враги, которого чтят его друзья, которого любят и которому служат все его подданные, достиг высшего блаженства, когда судьба и благосклонные боги послали ему в качестве жены и спутницы драгоценный небесный цветок по имени Маргарита, самую прославленную даму в мире…, достойную дочь Его императорского Величества, непобедимого…Максимилиана.

В Женеве молодожёнов ждал роскошный приём. В их честь устраивались великолепные праздники, которые «дорого обошлись городу из-а игр, танцев, маскарадов и других развлечений». Весной и летом они вместе совершили триумфальное шествие по главным городам герцогства. В Шамбери их встретили по-королевски. Жители Бурга тоже с энтузиазмом приветствовали новобрачных, хотя местные бюргеры были очень обеспокоены тем, как им оказать честь дочери императора, если они только что купили пятьдесят тысяч кирпичей для возведения укреплений вокруг города, тем самым опустошив муниципальную казну. После длительных совещаний они решили занять семьсот флоринов у священников церкви Богоматери Бургской.  Затем была отправлена депутация, чтобы встретить герцога и герцогиню и предложить им и губернатору Бресса четыре дюжины сыров, четыре пунша иностранного вина и двенадцать банок варенья.