Таким образом, работы для генштабиста и военного стратега Алексея Куропатина был непочатый край.

В июле 1878 года Куропаткин получает чин полковника и 6 сентября назначается на должность заведующего Азиатской частью Главного штаба. Кроме того, по рекомендации генерала Н. Н. Обручева Алексей Николаевич занял вакансию адъюнкт-профессора Николаевской Академии генерального штаба по кафедре военной статистики. Бывший в это время начальником Академии генерал М. А. Драгомиров назначению на профессорскую должность молодого 30-летнего офицера не препятствовал, хотя впоследствии, отношения между двумя героями русско-турецкой войны испортятся и станут резко враждебными.

К своим новым обязанностям Алексей приступил, как всегда, в высшей степени ответственно. На посту заведующего Азиатской частью Главного штаба он огромное внимание уделяет разведке, в особенности на линии противодействия Британии в Центральной Азии, Афганистане и Западном Китае. Огромная роль на этом направлении отводилась географическим экспедициям, которые осуществлялись под эгидой Русского географического общества и возглавлялись офицерами Генерального штаба. К ним, в частности, относился выдающийся путешественник и разведчик, видный проводник русской имперской мысли конца XIX века, выпускник Николаевской академии Генштаба Николай Михайлович Пржевальский.

С 1867 года он успешно возглавлял военно-научные экспедиции в Уссурийском крае, Северной Маньчжурии и Китае. В конце 1878 – начале 1879 года Азиатская часть Главного штаба, под начальством Куропаткина, вела усиленную подготовку очередной экспедиции Пржевальского, на этот раз в Тибет. В январе 1879 года Алексей Николаевич, тщательно проинструктировал русского разведчика, после чего Пржевальский отбыл в Туркестан, для проведения завершающего этапа подготовки к походу.

Время, свободное от походов и сражений, Куропаткин посвящает также и научной деятельности. В период 1878—1879 гг. выходят научные труды Алексея Николаевича: «Очерки Кашгарии» изданной в 1878 году в петербургской типографии В. А. Полетики. Через несколько месяцев Российское географическое общество публикует значительно расширенную и дополненную версию этой работы под несколько изменённым названием – «Кашгария. Историко-географический очерк страны, ее военные силы, промышленность и торговля». В том же 1879 году выходит ещё один труд Куропаткина «Туркмения и туркмены», в которой содержалось описание Туркменской степи, прилегающего к побережью Каспийского моря с востока Закаспийского края и бассейнов рек Атрек, Аму-Дарья, Мургаб и, частично, Герируд и Гюрген.

Казалось, что ещё нужно человеку: высокая, хорошо оплачиваемся должность, профессорский статус, столичная жизнь, открывающая высокие перспективы в карьере, однако Куропаткин тоскует по походной жизни, сражениям, запаху степи, и молотковому перестуку лошадиных копыт. Поэтому неудивительно, что вняв уговорам Кауфмана, с которым состоял в переписке, Алексей не прослужив в Петербурге и года, вновь отправляется в Туркестан.

14 августа 1879 года полковник Куропаткин назначается командующим Туркестанской стрелковой бригады, той самой в которой он начинал свой боевой путь.

В это время главная проблема, над решением которой трудился туркестанский генерал-губернатор было взаимоотношение с Цинской империей, которая, как мы помним, разбив Якуб-бека, в начале 1878 года вышли к русским пределам. На отвоёванных землях началась жесточайшая расправа над мусульманским населением. Через три недели после занятия Кашгара китайцы полностью вырезали скрывавшихся в окрестностях урумчийских дунган. Земли и имущество восставших отбирались в казну. Началось массовое бегство жителей Восточного Туркестана на российскую территорию.